Há muitos aspectos diferentes no anime e nos games. Embora ambos sigam uma mesma linha de história, existem muitas contradições e diferenças notáveis entre as duas mídias. Veja a seguir as mais notáveis delas:

Ovos Pokémon  no anime

• Pokémons com cores diferentes de sua coloração normal aparecem no anime (como o Butterfree rosa e os pokémons da Ilha Valencia), alguns ainda tem por padrão uma coloração diferente da coloração dos jogos (como Machoke e Toxicroak).
• Nos games, os ovos possuem a mesma aparência, não importa o pokémon que esteja dentro. No anime, os ovos possuem características do pokémon que está para nascer dele. Apesar disso, os personagens do anime não conseguem nem suspeitar qual pokémon pode nascer do ovo.
• No anime, durante as batalhas, ninguém é forçado a esperar o seu turno pra fazer os seus movimentos, podendo atacar mais de uma vez antes que o adversário contra-ataque. Mesmo assim, na maioria das vezes, cada um faz um movimento por vez.
• Nos games não existem pokémons iniciais selvagens, todos são entregues por alguém no jogo, geralmente pelo professor local.
• No anime, pokémons podem ser chamados para fora da pokébola a qualquer momento e usar seus golpes mesmo não estando em uma batalha.
• Golpes que são aprendidos apenas por breeding podem ser aprendidos normalmente pelos pokémons no anime, o exemplo mais notável disso é o Volt Tackle de Pikachu.

Combinação de golpes no anime

• É possível combinar golpes no anime e realizar um movimento totalmente improvisado.
• A liga pokémon consiste em um torneio de treinadores e não num desafio à elite 4. Treinadores podem desafiar membros da elite e campeões a qualquer momento no anime.
• A sistemática dos Pokémon Contests é completamente diferente no anime e nos jogos.
• No anime há bem mais cidades e mais ginásios que os jogos. Geralmente, as insígnias de ginásios que não aparecem nos games são obtidas por rivais no anime.
• Nos games, só existe um exemplar de cada pokémon lendário e eles não podem cruzar. No anime, podem existir mais de uma espécie de um mesmo lendário, além de poderem ter filhotes.
• No anime, os treinadores podem pedir que seus pokémons façam uma evasiva, independente da precisão (accuracy) do golpe que estão recebendo, permitindo que até mesmo golpes como Swift, Shock Wave e Aerial Ace, que são incapazes de errar seu alvo nos games, errem no anime.

Um pokémon tipo normal sendo atingido por um golpe tipo fantasma

• HMs são vistos como golpes comuns no anime e nem sempre são vistos realizando sua função fora de batalha (treinadores podem mergulhar, nadar e escalar sem precisar de pokémons, ou usar outros golpes para iluminar cavernas, quebrar e empurrar pedras, por exemplo).
• Golpes de TMs/Move Tutors podem ser aprendidos a qualquer momento pelos pokémons e requerem um treinamento por um longo período para aperfeiçoar e controlar o golpe (o Iron Tail de Pikachu, o Ice Beam de Snorunt e o Draco Meteor de Gible são só alguns exemplos).
• Em algumas ocasiões, pokémons imunes a determinados tipos são afetados por golpes desses tipos no anime, o exemplo mais notável são os de pokémons tipo terra sofrerem dano por golpes elétricos de Pikachu.
• Pokémons podem aprender mais de 4 golpes no anime (já houve caso de um pokémon usar 10 golpes diferentes durante uma mesma batalha). Além disso, não é necessário que um pokémon esqueça um golpe para que aprenda um outro. No entanto, os golpes mais antigos vão caindo em desuso conforme um pokémon vai aprendendo novos golpes. Atualmente o anime, para permanecer mais fiel ao jogos, faz com que os pokémons não usem mais que 4 golpes diferentes.
  

  Bulbasaur usando Whirlwind

• Nos games, os pokémons podem usar dezenas de golpes e nunca se cansarão, por mais que seu HP esteja “no vermelho”. No anime, os pokémons podem ficar exaustos e em condições físicas que possam comprometer o poder de seus golpes. Além disso, os pokémons podem batalhar além de seu limite no anime, diferente dos jogos.
• No anime, pokémons podem usar golpes que não são capazes de aprender nos games.
• Nos anime, batalhas de ginásio e da liga pokémon impõem um limite de pokémons a serem utilizados, enquanto nos jogos apenas em lugares como a Battle Tower tem limite de pokémons.
• Todas as batalhas oficiais no anime dispõem de um juiz que dita as regras e declara quando um pokémon é derrotado e eliminado da batalha. Nos games, com exceção das batalhas feitas em locais como a Battle Tower, pokémons derrotados podem ser revividos e retornados para a batalha a qualquer momento enquanto você ainda tiver pelo menos um pokémon ainda em condições para batalhar.
• No anime, pokémons podem evoluir durante a batalha, enquanto nos games, apenas quando a batalha termina.
• No anime, os pokémons podem mudar de personalidade quando evolui. Nos games, as Natures permanecem a mesma após a evolução.

Piplup resistindo a uma evolução

• No anime, os pokémons podem decidir se querem ou não evoluir e até mesmo resistir a uma evolução, como é o caso de Pikachu, Bulbasaur, Meowth e Piplup.
• Nos games, apenas pokémons trocados desobedecem treinadores, problema que pode ser resolvido após adquirir um determinado número de insígnias. No anime, alguns pokémons recém-capturados ou recém-evoluídos podem desobedecer o treinador, e o número de insígnias não influencia a sua obediência.
• No anime é possível realizar movimentos para rebater um golpe ou para criar um tipo de defesa para combater uma desvantagem, coisa que nos games não é possível fazer.
• O anime é muito mais livre quanto ao que cada pokémon pode fazer numa batalha. Pokémons voadores são imunes ao Toxic Spikes nos games pois subentende-se que, como estão voando, não irão ser afetados por algo que está no chão. No anime, eles podem ser afetados se por ventura vierem a tocar o chão. Outro exemplo é usar Dig e depois Fire Blitz enquanto está debaixo da terra para “queimar” os Toxic Spikes. Coisas desse tipo jamais podem ser realizadas nos games.