Quando um segundo Mewtwo surgiu no 16º filme de Pokémon, muitos acreditaram que este seria o mesmo Mewtwo que apareceu no 1º filme. Contudo, este novo Mewtwo provou-se ser um Mewtwo diferente daquele que conhecíamos. Como isso é possível? Ele não deveria ser único? Afinal, os cientistas que o criaram no 1º filme só conseguiram fazer um clone bem sucedido. Vamos entender o que aconteceu para esse segundo Mewtwo ter surgido.
O primeiro Mewtwo foi criado por uma equipe de cientistas, liderada pelo Dr. Fuji. As pesquisas e os experimentos foram financiados pela Equipe Rocket, pois Giovanni queria ter o pokémon mais poderoso de todos. Como eles conseguiram uma amostra do DNA de Mew, foi possível fazer uma clonagem. Após algumas tentativas mal sucedidas, Mewtwo finalmente pode ser criado. Contudo, Mewtwo se rebelou, destruindo todo o laboratório e matando todos os cientistas nesse processo. Mais tarde, no especial "A volta de Mewtwo", ele também apaga a memória de Giovanni e dos outros membros da Equipe Rocket que sabiam de sua existência. Ash e seus amigos, por outro lado, permaneceram com as lembranças de Mewtwo.
Com isso, o primeiro Mewtwo apagou todos os indícios de sua existência. As pessoas que o criaram não existiam mais, o laboratório onde foi criado também não, nem Giovanni não sabe mais de sua existência. Aparentemente, um novo Mewtwo não poderia ser criado. Mesmo assim, Mew é um pokémon que desperta atenção de muitos cientistas. O que aconteceria se um novo grupo de cientistas tivesse acesso ao material genético de Mew?
Ao que tudo indica, foi exatamente isso que aconteceu. O segundo Mewtwo foi criado por um grupo de cientistas como resultado de uma recombinação dos genes de Mew. Após ser submetido a uma série de experiências dolorosas, este novo Mewtwo destruiu o laboratório onde foi criado e fugiu. A história é bastante similar, mas são de fato pokémons diferentes. Podemos notar que o grupo de cientistas que criou o segundo Mewtwo não é o mesmo que criou o primeiro. Esse segundo grupo de cientistas usavam alguns óculos especiais e aparentavam usar uma tecnologia bem mais avançada que os primeiros cientistas.
Outro detalhe é que quando o segundo Mewtwo apareceu diante de Ash no 16º filme, Ash diz: "espera, você é…", então Ash é cortado pelo Mewtwo, que se apresenta. Com essa fala, Ash indicou já conhecer Mewtwo (porque havia visto um antes), mas este novo Mewtwo não demonstrou conhecer Ash em nenhum momento. Não há dúvidas: existem dois Mewtwos diferentes. Só que como isso é possível? O primeiro Mewtwo não destruiu tudo o que estava em seu caminho, incluindo seus criadores, laboratório e tudo mais? De que forma outros cientistas seriam capazes de criar um novo Mewtwo?
A única explicação plausível é que essa nova equipe de cientistas criou um Mewtwo a partir do zero. Eles não sabiam da existência do Mewtwo anterior, nem dos procedimentos para a sua criação, apenas queriam criar um pokémon extremamente forte com a amostra do DNA de Mew que conseguiram. O processo que levou à criação do segundo Mewtwo certamente foi diferente. Essa segunda equipe de cientistas possuíam uma tecnologia bem mais avançada que a primeira equipe, logo, a forma como desenvolveram os experimentos deve ter sido diferente. Apesar disso, o resultado foi o mesmo: Mewtwo foi criado novamente e batizado coincidentemente com o mesmo nome. O DNA de Mew deve ser algo difícil de copiar, por isso que essas duas tentativas resultaram numa cópia não perfeita e de mesma aparência. É possível que o DNA de Mew quando manipulado sempre se torne em Mewtwo, quando o processo seja bem sucedido.
Se compararmos o primeiro Mewtwo com o segundo, podemos notar algumas diferenças. O primeiro tinha uma personalidade mais masculina, enquanto o segundo, mais feminina. Além disso, o segundo mostrou ser capaz de mega evoluir por conta própria. Provavelmente essas diferenças acontecem por conta de cada Mewtwo ter sido criado de maneira diferente. O 22º filme trará Mewtwo ao destaque novamente. Não se sabe ainda como será a sua história e se possui alguma relação com os outros dois. Talvez veremos sua outra mega evolução em ação. Inclusive, no especial das mega evoluções, há uma cena onde dois Mewtwos mega evoluídos aparecem simultaneamente. Então não, Mewtwo não é um pokémon único.
Como visto no especial "Mewtwo: O prólogo de seu despertar", um caçador disse que os cientistas que criaram o segundo Mewtwo haviam o enviado para recapturá-lo, depois que este Mewtwo escapou. Isso indica que os cientistas que criaram o segundo Mewtwo ainda estão vivos. Ou seja, não seria impossível que outros Mewtwos fossem criados por essa mesma equipe. Contudo, o processo de criação de Mewtwo deve ser algo bastante complexo, visto que tanto Giovanni quanto esse novo grupo de cientistas preferiram recapturar o Mewtwo que escapou a ter que fazer outro Mewtwo. De qualquer maneira, se outros Mewtwos aparecerem por aí provavelmente será obra de algum grupo de cientistas que conseguiu uma nova amostra do DNA de Mew.
