No geral, os filmes de Pokémon têm pouco ou nenhum impacto sobre o enredo principal do anime, apesar de serem produzidos com base nele. Geralmente, a história no anime se desenrola como se os acontecimentos incorridos em filmes nunca tivessem acontecido. Entretanto, assim como alguns detalhes de certos episódios contradizem os detalhes de outros anteriores (como o fato de May dizer que usou Skitty no concurso de Fallarbor, quando na verdade usou Beautifly), alguns acontecimentos podem estar atrelados diretamente a fatos nunca antes revelados no anime, mas sim nos filmes.

Dialga e Palkia no anime

Podemos lembrar de quando Ash, Dawn e Brock encontraram Dialga e Palkia na trilogia dos filmes de Sinnoh. No episódio “A Batalha Final da Lenda!”, esses lendários finalmente aparecem no anime. Contudo, Ash e seus amigos agem como se nunca tivessem encontrado esses lendários antes, sem nunca mencionar os fatos ocorridos pelos filmes.

Spiritomb e Riolu

Outro detalhe que foi introduzido em um filme foi a habilidade de Ash de manipular a aura. Ash aprendeu a usar a aura no 8º filme, porém essa habilidade foi mencionada e utilizada nos episódios “O lacre quebrado” e “O Patrulheiro Pokémon e o Riolu Sequestrado”, mesmo sem nunca ter sido revelada no anime antes.

Mewtwo Contra-Ataca e O Retorno de Mewtwo

É possível que, no início, os filmes realmente existiam de forma que não interferissem no enredo do anime. De fato, Mewtwo apagou a memória de todo mundo no 1º filme, o que permitia não fazer nenhuma diferença se o filme fizesse parte da história do anime ou não. Contudo, no especial do “Retorno de Mewtwo”, o próprio Mewtwo deixou a entender que tinha permitido que Ash e os outros se lembrasse daqueles acontecimentos.

Latios no anime

Com o passar da série, mais referências a filmes anteriores foram feitas, como o fato de Ash chamar Latios pelo nome no episódio “A Fronteira da Semi-Final!”, em sua batalha contra Tobias na Liga Sinnoh. Ash nunca havia visto Latios antes, apenas no 5º filme, e não precisou de sua Pokédex para saber que pokémon ele era, por dedução, ele apenas poderia conhecê-lo do 5º filme. Outro caso foi quando Ash e James se lembraram de eventos incorridos no 2º filme quando se encontram com o bebê Lugia das Ilhas dos Redemoinhos no episódio “O Mistério Já Era” do anime.

Lugia no anime

Mesmo não estando diretamente relacionados, os filmes se encaixam no anime de maneira cronológica. Por esta razão que quando vemos um pokémon da equipe dos protagonistas ainda não evoluído no pôster ou nos anúncios de um filme que está para estrear, podemos concluir que ele definitivamente não evoluirá em nenhum dos episódios do anime até o lançamento do filme. A colocação dos filmes na história do anime se dá entre os episódios que foram ao ar antes e depois da estreia do filme nos cinemas japoneses, embora algumas vezes esse posicionamento possa variar com relação aos eventos ocorridos no anime.

• No episódio “A Batalha da Insígnia”, Gary enfrenta Giovanni, mas é derrotado pelo Mewtwo de armadura. No episódio seguinte (A Hora do Mr. Mime), o Mewtwo de armadura faz uma breve aparição ao lado de Giovanni. No episódio “Batalha no Poké-Curral”, é possível ver Mewtwo escapando da base da Equipe Rocket. Os eventos do 1º filme situam-se entre os episódios “O Pika-Huna” e “A Hora do Gloom”, que ocorrem logo depois das breves aparições de Mewtwo no anime. No entanto, o 1º filme foi lançado no Japão entre a exibição dos episódios “A Unidade Canina” e “Fotógrafo Pokémon”, devido ao incidente do Porygon, que fez o anime parar de ser exibido durante 4 meses. Se o anime não tivesse ficado “na geladeira” durante esses 4 meses, o 1º filme seria lançado exatamente após a última aparição de Mewtwo no anime.
• Os eventos do 2º filme ocorrem entre os episódios “Fica Frio, Charizard” e “A Batalha dos Pokémon de Água”, que é justamente o momento onde o Charizard passa a obedecer o Ash (de fato, Charizard obedecia Ash neste filme). Contudo, o filme saiu nos cinemas imediatamente antes do episódio “Fica Frio, Charizard” ser exibido.
• O 3º filme foi exibido entre os episódios “Trabalhando em Equipe” e “Os Amigos Psíquicos”. Julgando pelo enredo, o filme se localiza em algum lugar entre “Cérebro de Ave” (devido a presença de Noctowl) e “Confusão no Castelo” (devido ao Zubat de Brock ainda não ter evoluído). Desta vez, o filme foi exibido no tempo certo.
• O 4º filme acontece entre os episódios “Cadê os Kecleons?” e “A Enfermeira Joy dos Pokemons de Água”.
• Os eventos do 5º filme ocorrem entre os episódios “Batalha Sub-Aquática” e “O Lapras de Luxo”.
• O 6º filme foi exibido entre os episódios “Cadê meu Torchic?” e “Vencer ou Perder! Empatar Nunca”.
• O 7º filme ocorre entre os episódios “Batalha de Ginásio nas Alturas!” e “Luz, Camerupt, Ação!”.
• O 8º filme está entre os episódios “Uma Verdadeira Ajuda dos Cleffa” e “Articuno, o Número Um”.
• O 9º filme foi lançado entre os episódios “Aipom e a Circunstância” e “Estratégias Amanhã, Diversão Esta Noite!”.
• O 10º filme se encaixa entre os episódios “Duas Babás Quase Perfeitas!” e “Um Desafio de Elite!”
• O 11º filme estreou no Japão entre os episódios “Chegando Com Estilo!” e “Os Psyduck Param Aqui!”
• O 12º filme se passa entre os episódios “A Gincana Pokémon!” e “Portal Para A Ruína!”.
• O 13º filme saiu nos cinemas numa posição cronológica incorreta. O filme foi exibido entre os episódios “Liga Descontrolada!” e “A Vitória do Paul sobre o Barry”, ou seja, durante as batalhas da Liga Sinnoh. Os eventos do filme se encaixariam melhor entre os episódios “Pelo o Amor De Meowth!” e “A Oitava Maravilha do Mundo Sinnoh!”.
• Quando os 14º filmes foram exibidos nos cinemas, no anime estava acontecendo o torneio Club Battle de Don George. O filme estreou entre os episódios “Reunion Battles In Nimbasa!” e “Cilan Versus Trip, Ash Versus Georgia!”. Se caso os episódios da Equipe Rocket vs. Equipe Plasma e do torneio de pesca não tivessem sido pulados, o filme teria sido exibido entre os episódios “Archeops in the Modern World!” e “Movie Time! Zorua in “The Legend of the Pokémon Knight”!”, que seria uma posição mais adequada.
• O 15º filme foi lançado entre os episódios “Expedição à Ilha Onix!” e "O Mistério do Cubchoo desaparecido". O filme foi posicionado cronologicamente fora da ordem, pois Dawn estava acompanhando Ash e seus amigos na época e ela não aparece no filme. O filme deveria estar em algum lugar antes do episódio "Um Show de Batalha no Ginásio de Virbank! Parte 1".
• O 16º filme ocorre entre os episódios “OVNI na Ilha Extensia!" e "A Jornalista de Outra Região!”.
• O 17º filme estreou no Japão entre os episódios "O Campeão da Floresta!" e "Batalhas no Ceú!", mas deveria ter estreado logo após o "Batalhas no Céu!", pois Fletchling evolui nesse episódio e no filme Ash está com Fletchinder.

Apesar de tudo, nos filmes, Ash e seus amigos nunca capturam ou evoluem pokémons e não conquistam nenhuma insígnia ou fita, por isso que não estão ligados diretamente ao anime. Isso fica ainda mais comprovado no 14º filme, onde existe duas versões alternativas de uma história, dois filmes com personagens em comum, mas com acontecimentos opostos, sendo impossível para Ash ter vivido as duas histórias. São dois eventos paralelos que nunca irão se cruzar. Assim como o 14º filme mostrou duas realidades diferentes, o anime, na maioria das vezes, é uma realidade diferente da realidade dos filmes. Um independe do outro.