O anime e o mangá foram lançados mais ao menos ao mesmo tempo, mas diferem radicalmente um do outro. Ambos são baseados nos games, mas cada um trata a história do jogo de uma maneira diferente. O mangá principal de pokémon é conhecido como Pokémon Adventures (Pokémon Special no Japão), mas existem diversos outros mangás. Alguns mangás são baseados nos diversos jogos da série, alguns são baseados no próprio anime, outros nos filmes da série, outros baseados até mesmo no TCG. Existem alguns ainda que são originais e apresentam seus próprios conceitos.
No Pokémon Adventures o enredo costuma ser mais fiel ao jogo, se comparado ao anime, embora ainda apresente diferenças notáveis. A cada novo jogo que é lançado, um novo personagem aparece no mangá. Esse personagem passa a ser o novo protagonista até o lançamento do próximo jogo. O personagem possui o mesmo nome do jogo (como por exemplo, Red) e geralmente é baseado no protagonista do jogo. No caso do anime, o protagonista é o mesmo desde o início da série: Ash Ketchum. Apesar disso, no anime, os companheiros de viagem de Ash mudam de tempos em tempos. Outro detalhe é que, conforme o tempo passa, os protagonistas antigos do mangá, quando reaparecem, estão mais velhos. No anime não percebemos se o personagem envelheceu ou não.
No anime, personagens como líderes de ginásio costumam exercer suas funções como líder e dificilmente aparecem novamente após Ash enfrentá-los. Em alguns poucos casos, o líder segue uma jornada ao lado de Ash. Já no mangá, alguns líderes são malvados e trabalham para organizações criminosas, como a Equipe Rocket. Por falar nela, não temos Jessie e James aparecendo frequentemente, no mangá a Equipe Rocket é uma organização séria, tal como nos jogos. Temos também as outras organizações tendo destaque nos outros continentes. Elas também estão presentes no anime, porém não recebem tanto foco quanto Jessie e James.
Os personagens do mangá possuem pokémons diferentes de seus equivalentes no anime. Os rivais aparecem com uma frequência maior no mangá e geralmente estão envolvidos na história, juntamente com o protagonista. Diferente de Ash, já houve uma preocupação maior do protagonista capturar todos os pokémons no mangá, visto que esse é o slogan da franquia. Outro detalhe é que vemos o protagonista vencer a Elite 4, tornando-se campeão. No anime a Liga Pokémon funciona de uma forma diferente da que vemos nos jogos.
Uma coisa que é estranha no mangá são as origens dos treinadores. Por exemplo, no anime os protagonistas possuem nomes bem definidos e uma família (pai, mãe ou irmãos). No mangá os treinadores mais parecem crianças perdidas no mundo, livres para fazer o que bem entendem. E que tipo de pais dariam um nome de cor ao seu filho? Outro detalhe é que um professor como o professor Carvalho, famoso no anime, é pouco conhecido no mangá. O próprio protagonista nunca ouviu falar dele. Ele está mais com cara de um velho maluco do que de um pesquisador.
Claro, nos mangás que são baseados no anime temos Ash, Pikachu e os outros. O enredo segue mais fielmente o anime do que os jogos, embora ainda apresentando certas diferenças na história. O anime também traz os conceitos de algumas outras mídias para a história, como é o caso dos games spin-offs como Pokémon Ranger. No caso do Pokémon Mystery Dungeon, existem especiais que são baseados nele. Filmes estão diretamente atrelados ao anime, visto que são criados com base no anime. A ideia do TCG dificilmente será vista no anime, mas já vimos os símbolos das energias das cartas sendo aproveitados na série. Para o mangá é difícil trazer os demais conceitos para a história, é por essa razão que vemos mangás e mais mangás sendo criados com base nas outras mídias. Diferente de outras franquias como Dragon Ball, Cavaleiros do Zodíaco ou Naruto, que partiram do mangá para depois conseguirem o anime e os jogos, Pokémon veio dos jogos para depois conseguir o anime e o mangá. Isso fez com que Pokémon tivesse esse grande número de mangás, cada um com sua própria história.
