A clonagem é um processo capaz de criar uma forma geneticamente igual a um ser que é ou já foi vivo. Esse processo foi desenvolvido no Mundo Pokémon pelo dr. Fuji.
A fim de criar o pokémon mais poderoso já existente, Giovanni contrata o dr. Fuji para trabalhar nesse processo. Como Fuji necessitava de recursos financeiros para desenvolver seu projeto principal, aceitou a proposta de Giovanni. Com uma amostra do DNA de Mew, Fuji consegue desenvolver um clone melhorado do raro pokémon. A filha do dr. Fuji, chamada Amber, já não está mais viva. O projeto principal de Fuji era recuperar a filha que perdeu através de uma amostra do DNA dela. Por isso dedicou sua vida com pesquisas sobre clonagem. Além de Amber, Fuji clonou também Bulbasaur, Charmander e Squirtle. Os clones eram nomeados com o número “two” no término de seus nomes, sendo assim, chamavam-se Ambertwo, Bulbasaurtwo, Charmandertwo, Squirtletwo e também Mewtwo, o clone de Mew solicitado por Giovanni. No entanto, devido a um problema no laboratório, Fuji perde os clones que estava desenvolvendo, conseguindo salvar apenas Mewtwo a tempo. Embora o sonho de trazer sua filha de volta a vida tenha sido um fracasso, conseguiu criar o pokémon mais poderoso.
Após Mewtwo despertar e seu processo de clonagem ter sido um sucesso, o pokémon se revolta e destrói o laboratório e tudo o que está ao seu redor, matando inclusive o dr. Fuji e todos os cientistas envolvidos em sua clonagem. Giovanni chega e toma Mewtwo para si, mas logo Mewtwo se rebela contra ele também. Mewtwo então usa seus poderes psíquicos para reconstruir o laboratório que havia destruído, criando uma fortaleza para si. O novo laboratório criado por Mewtwo possuía uma tecnologia avançada, capaz de criar clones instantaneamente. Com algumas pokébolas especiais, Mewtwo era capaz de capturar temporariamente qualquer pokémon, ainda que o pokémon pertença a outro treinador ou mesmo que o pokémon esteja dentro de outra pokébola. Com o mecanismo das máquinas de seu laboratório, Mewtwo era capaz de extrair o DNA dos pokémons que estivessem dentro de suas pokébolas especiais para desenvolver seus clones rapidamente. O mecanismo era tão avançado que era capaz de identificar um pokémon a ser clonado mesmo se fosse oferecido apenas uma amostra (como os pelos de um pokémon, por exemplo), e mesmo apenas com a amostra era possível ser feito um clone perfeito. Os clones eram armazenados dentro de um tanque, onde permaneciam adormecidos. Após o processo de clonagem ter sido concluído, os pokémons originais que estivessem nas pokébolas de Mewtwo poderiam ser libertados normalmente.
Os clones, no geral, são idênticos aos pokémons originais. Alguns casos tiveram diferenças, como as manchas nos clones de Venusaur, Charizard e Blastoise, e o próprio Mewtwo, que possui uma aparência completamente diferente de Mew. Aparentemente os clones tendem a ser mais fortes que os pokémons originais também. Apesar de serem clones, não deixam de ser pokémons. Foi comprovado inclusive que os clones são capazes de reproduzir. Entre os diversos pokémons que Mewtwo clonou, estavam Rhyhorn e Nidoqueen. Os clones de Rhyhorn e Nidoqueen tiveram dois filhotes juntos. Existem alguns detalhes curiosos que podemos perceber. As Nidoqueens originais são conhecidas por não serem capazes de reproduzir (apenas Nidoran♀ é que pode botar ovos), no entanto, o clone de Nidoqueen pôde ter um filhote. Outro fato curioso é que as mamães pokémon apenas geram filhotes de sua própria espécie e em seu primeiro estágio evolutivo. Em outras palavras, se Nidoqueen pudesse cruzar com um Rhyhorn macho, seria possível nascer apenas Nidorans♀, nunca Nidoqueen ou Rhyhorn. Os clones tiveram justamente uma Nidoqueen bebê (ou seja, o pokémon nasceu em seu estágio final de evolução na forma de um bebê) e também tiveram um Rhyhorn bebê (ou seja, um bebê da espécie do pai).
Curiosidade: em uma entrevista com @Gamer magazine, Junichi Masuda e Ken Sugimori revelaram que iria existir um pokémon baseado na ovelha Dolly, o primeiro mamífero a ser clonado com sucesso, porém não foi criado pois foi considerado algo “muito controverso”.
[+] Clonando pokémons nos games!
Em vários games de pokémon é possível “clonar pokémons”. No entanto, é um processo que não pode ser feito naturalmente, mas sim por erros contidos nos games. Veja a seguir alguns vídeos de como esse erro funciona, fazendo com que seja possível duplicar pokémons:
