A exibição do episódio 38 – “O soldado elétrico Porygon” não trouxe consequências apenas para a imagem da série e para os fãs que foram afetados. A programação dos episódios também sofreu com esse impacto. Existe um episódio chamado: “É véspera de ano novo! Monstros de Bolso” (“It’s New Year’s Eve! Pocket Monsters”). Esse episódio estava programado para ser 40º do anime, que iria ao ar dia 31 de dezembro de 1997 no Japão. No entanto, nunca foi exibido, devido ao incidente.
O episódio de Porygon foi exibido no Japão dia 16 de dezembro de 1997 e fez cerca de 700 crianças japonesas sofrerem de convulsões, vômitos, irritações nos olhos e outros sintomas devido a um efeito de luzes nas cores azul e vermelho piscando rapidamente. Na semana seguinte (23 de dezembro), seria exibido o episódio especial de natal com a participação do papai noel (Feriado à la Jynx), e na outra semana, o especial de ano novo, que nunca foi exibido. Esse episódio de ano novo foi cancelado e não se sabe nada dele, além do nome. Caso as crianças não tivessem sofrido de ataque epilético, o episódio de ano novo teria sido exibido normalmente no mundo inteiro.
A cena com as luzes em azul e vermelho que piscaram rapidamente nas telas nipônicas, causando o ataque epilético.
O incidente de Porygon fez com que Pokémon parasse de ser exibido por um tempo no Japão, o que afetou a exibição dos episódios que estavam por vir. Veja a seguir como estava a programação:
| Episódio | Título | Planejado para ser exibido em: | Data de exibição oficial: |
| # 38 | O soldado elétrico Porygon | 16 de dezembro de 1997 | 16 de dezembro de 1997 |
| ***** | Feriado à la Jynx | 23 de dezembro de 1997 | 5 de outubro de 1998 |
| ***** | É véspera de ano novo! Monstros de Bolso |
31 de dezembro de 1997 | Nunca foi exibido |
| ***** | Perdidos na neve | 6 de janeiro de 1998 | 5 de outubro de 1998 |
| # 40 | Irmãos da pesada | 13 de janeiro de 1998 | 16 de abril de 1998 |
| # 41 | Acorde, Snorlax! | 20 de janeiro de 1998 | 23 de abril de 1998 |
| # 42 | Duelo na cidade sombria | 27 de janeiro de 1998 | 30 de abril de 1998 |
| # 43 | A marcha dos Exeggutor | 3 de fevereiro de 1998 | 7 de maio de 1998 |
| # 44 | O problema com Paras | 10 de fevereiro de 1998 | 14 de maio de 1998 |
Até o episódio de Porygon, Pokémon era exibido semanalmente às terças-feiras. Após o incidente, Pokémon só voltou a ser exibido em abril do ano seguinte, sempre de quinta-feira, e é exibido de quinta até hoje. Contudo, Pokémon voltou a ser exibido a partir do episódio 40. Os episódios “Feriado à la Jynx” e “Perdidos na neve” foram exibidos mais tarde, num especial de uma hora em outubro. Os dois episódios foram colocados após o episódio “A hora do Mr. Mime”, onde Ash já possuía um Charizard e Misty já havia deixado seu Starmie no ginásio. Isso causou algumas confusões para os telespectadores, pois nesses episódios exibidos fora da ordem, Ash ainda possuía seu Charmander, e Misty, seu Starmie. Já o episódio de ano novo não foi exibido, nem mesmo fora da ordem. (Nota: Feriado à la Jynx e Perdidos na neve são os episódios 65 e 66 da exibição ocidental, mas por estarem fora da ordem cronológica, a Bulpapedia considera esses episódios como especiais, por isso a numeração dos episódios lá é diferente dos demais fan sites de pokémon na internet a partir do episódio 65)
Talvez vocês estejam se perguntando: “e enquanto ao episódio 39 – ‘O adeus de Pikachu’, por que ele não aparece nessa programação?”. Pelo simples fato de ele ainda não ter sido criado. “O adeus de Pikachu” é um episódio que nunca deveria ter existido. Ele foi criado após a exibição do episódio de Porygon, em resposta ao incidente, e exibido num especial de uma hora no Japão juntamente ao episódio 40, em abril. Fizeram o especial de uma hora (que por sinal é o primeiro especial de uma hora de Pokémon) para celebrar o retorno do anime na TV. O adeus de Pikachu foi feito em respeito às crianças que Pikachu fez sofrer de epilepsia.
