Voando pelos céus
Uma das novidades dessas versões é a possibilidade de voar livremente pelos céus de Hoenn. Através do item Eon Flute, você pode chamar seu Latias/Latios de onde quer que ele esteja. Ele irá mega evoluir e você ficará montado nele, guiando-o livremente pelos céus. Você pode aterrissar em qualquer lugar de Hoenn que você já tenha visitado. Por esse método também é possível ter acesso a alguns lugares que não são acessíveis quando se está a pé ou surfando pelo mar.
Enquanto você está controlando seu Latias/Latios, os comandos possíveis são os seguintes: botão A para pousar, botão B para aumentar a velocidade, botão X para voar mais alto, botão Y para voar mais baixo e botões L e R para realizar manobras.
Pokémons selvagens
Enquanto está voando, pode acontecer de avistar um bando de pássaros voando ao redor. Se você se aproximar muito desses pássaros, um pokémon selvagem vai aparecer. Os pokémons que podem aparecer pelos céus são Taillow, Wingull, Pelipper, Swablu, Murkrow, Drifloon e Braviary. Eles estão em torno do level 40 e 50.
Mirage Spots
Uma vez por dia, uma ilha aleatória irá aparecer nos arredores da região de Hoenn. Essas ilhas só podem ser acessadas quando se está voando em Latias/Latios. Elas são ilhas relativamente pequenas, mas podem ser identificadas por um pequeno brilho acima delas. Essas ilhas são conhecidas como Mirage Spots. Existem quatro tipos desse Mirage Spots: Mirage Island, Mirage Forest, Mirage Cave e Mirage Mountain. Cada dia uma ilha diferente irá aparecer no mapa e a anterior irá desaparecer. Além delas, uma ilha que também pode aparecer é a Crescent Isle, local onde Cresselia pode ser encontrado.
Em todas essas ilhas, você pode encontrar certos itens. Na Mirage Island pode aparecer Pearl, Big Pearl e Razor Fang. Na Mirage Forest pode aparecer Tiny Mushroom, Big Mushroom e Razor Claw. Na Mirage Cave pode aparecer Red Shard, Blue Shard e DeepSeaTooth. Na Mirage Mountain pode aparecer Green Shard, Yellow Shard e DeepSeaScale. Em algumas das ilhas é possível encontrar TMs também. Existem certos pokémons que só podem ser encontrados nessas ilhas. Pokémons como os Unowns, Audino, Ditto e Larvesta são só alguns exemplos de pokémons que aparecem só por essas ilhas. Existem ilhas que precisam da Mach Bike para serem exploradas, outras que precisam da Acro Bike, e uma ainda que precisa das duas bicicletas para se explorar por completo.
Outro aspecto dessas ilhas é o recurso do StreetPass. Se você já viu a sua ilha do dia, através do StreetPass outros jogadores poderão ver e visitar a ilha que você viu nesse dia, da mesma forma que você poderá visitar as ilhas que os outros jogadores estão vendo nesse dia. Isso também funciona quando você fica online. Qualquer jogador que passar por você pelo Pass By pode enviar automaticamente a ilha que está vendo no dia. Um detalhe é que além dos itens comuns existem itens escondidos nessas ilhas que podem ser localizados pelo Dowsing Machine. Contudo, você só poderá encontrar o item escondido da sua ilha apenas, você não achará itens escondidos na ilha que recebeu.
Existem alguns Mirage Spots que não ficam aparecendo aleatoriamente como as ilhas. Após atender a alguns requisitos, você pode fazer com que esses Mirage Spots apareçam. É justamente nesses lugares que muitos pokémons lendários nativos de Johto, Sinnoh e Unova podem ser encontrados.