Pokémon Ranger & O Templo do Mar
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Pela nona vez o narrador apresenta o mundo Pokémon e as criaturas que habitam esse fabuloso lugar. Brendan aparece em uma batalha contra Hitomi, uma personagem do sétimo filme Pokémon. Marina, a garota relacionada à personagem feminina de Pokémon Crystal, aparece correndo ao lado de um Lugia. Um Rayquaza aparece sendo capturado e analisado pelo Professor Sebastian/Shiranui, ao lado de Buson/Atilla e Bashou/Hun, personagens do especial "A Lenda do Trovão". Além de também mostrar Ash Ketchum e seus amigos, ele também fala sobre os Pokémon Rangers, pessoas que se empenham em proteger os Pokémons e seu habitat. Um ovo Pokémon aparece na água e chama atenção de vários Pokémons aquáticos. Três helicópteros acendem suas luzes e assustam os Mantines e os Mantykes que estavam em volta do ovo. Assustando outros Pokémons aquáticos, uma enorme máquina submarina aparece. Dentro dela, um homem ordena que capturem o ovo, e um Chatot aparece, repetindo as ordens. Um braço mecânico leva uma cápsula azul até o estranho ovo e o captura. A enorme máquina vai para a superfície e dentro dela o homem que parece ser o chefe da organização desconhecida diz que logo terá a Coroa do Mar. Quando o homem ia pegar o item roubado, um outro homem loiro agarra o ovo e foge da sala, começando uma perseguição dentro da nave. Antes de subir em uma espécie de escada automática, o homem diz que não é um traidor, já que nunca esteve do lado dos demais.
Despistando seus perseguidores, o homem loiro chamado Jack Walker fala com uma mulher através de um comunicador e diz que demorou a entrar em contato porque precisava obter o O.D.P, o Ovo do Príncipe, nome que aparentemente o homem inventou faz pouco tempo para o ovo. Do outro lado da linha, a mulher aparece em uma enorme sala e mostra que pertence a uma poderosa organização. Alguns homens cercam Jack e ele é seguido até o exterior da nave. Ali, o chefe da organização aparece e libera seu Pinsir e seu Parasect a fim de parar Jack. O ladrão do ovo foge e com um Capture Styler obtém um Mantine próximo. Jack monta no Mantine recém-capturado e foge depois de confundir o Pinsir e o Parasect. O chefe da organização reconhece Jack como um Pokémon Ranger.
Ash, Brock, Max e May aparecem cansados e perdidos em um deserto, sem sinal para usarem a PokéNav. Sedentos por água, os treinadores vêem algumas bolhas flutuantes e conhecem Hiromi, uma mulher da Tropa Marina, que atualmente fazem o show Pokémon Subaquático. As estranhas bolhas de água são feitas por Poliwags e controladas pelos poderes psíquicos de um Meditite e de um Medicham. Os treinadores conhecem a família de Hiromi: seu avô Ship, seu pai Kai e sua mãe Minamo. Os heróis entram no trailer da Tropa Marina onde conseguem água. Dentro do lugar, Max se diverte com um Buizel. Esse Pokémon acaba ligando um estranho tubo que revela para May o ovo Pokémon de antes. Kai esconde o tubo e Ship leva todos para uma cidade onde começam o show Pokémon Subaquático usando Pokémons aquáticos e psíquicos. A Equipe Rocket também aparece por ali e Buizel surge mexendo com o misterioso tubo novamente. Entrando dentro das bolhas, Ash, Brock, Max e May também participam do show, que acaba com um belo arco-íris.
James vê o momento em que May aciona o tubo misterioso e faz o ovo aparecer novamente. O palhaço da Tropa Marina pega o tubo e o entrega para Hiromi. Através de um guia da Equipe Rocket, os vilões descobrem que Phantom, o chefe da enorme nave de antes, pagará por qualquer informação do ovo. Ship oferece uma carona aos heróis e todos partem para a próxima cidade. De noite, Buizel aciona o tubo novamente e faz o ovo aparecer. O ovo parece reagir com a lua e fica vermelho, fazendo May entrar em um sonho onde está cercada de Pokémons aquáticos. Dentro de uma bolha colossal, May vê um enorme palácio e até o misterioso Kyogre. Um Pokémon brilhante também aparece, mas May acaba acordando quando ele vai na direção do palácio. Já é dia e enquanto a Tropa Marina e os heróis almoçam, a Equipe Rocket entra no trailer à procura do ovo. May fala sobre o sonho que teve e a Tropa Marina diz que também tiveram o mesmo sonho, e que são descendentes da Tribo do Mar, um grupo que adorava os Pokémons aquáticos e que construíram um templo para viver ao lado deles. May poderia ser uma descendente também, assim como Max. Enquanto isso, Jessie encontra o ovo que reage novamente quando James e Meowth encostam-se a ele.
O ovo fica vermelho e faz as almas dos Rockets trocarem de corpo. Meowth está no corpo de James, Jessie está no corpo de Meowth e James está no corpo de Jessie. Eles tentam fazer seu lema quando se encontram com os heróis, mas com suas almas trocadas isso fica um pouco estranho. Os Rockets fogem em sua máquina voadora e o palhaço impede Pikachu de atacar os Rockets, já que eles estão carregando algo muito valioso. Capturando um Fearow da mesma maneira que Jack Walker capturou o Mantine, o palhaço faz o Pokémon levar Pikachu até os Rockets. Pikachu consegue pegar o tubo e Fearow fura a máquina da Equipe Rocket, que decola novamente. Com a situação sob controle, o palhaço revela ser Jack Walker, o Pokémon Ranger de antes. Ele diz que o raríssimo Manaphy, o mesmo do sonho de May, chocará do ovo e que, ao lado da Tribo do Mar, planeja que ele o leve ao Templo do Mar. Nesse momento, três helicópteros chegam no local e o grupo de Phantom libera dois Beedrills.
Phantom desce de um dos helicópteros e segue Jack. Na batalha entre os dois, Phantom mostra ter uma força fora do normal ao levantar uma enorme rocha com Jack em cima. Jack engana o vilão com um pano, fazendo-o pensar que estava com o ovo. O ovo na verdade está com Ash, que é atacado por um Beedrill e deixa o ovo cair. May agarra o ovo de Manaphy e corre enquanto Ash e Pikachu cuidam do Beedrill. Phantom alcança May e agarra o recipiente, que quebra e lança o ovo para o alto. May agarra o ovo novamente e uma luz vermelha sai dele. O ovo fica branco e vira um Manaphy, que começa a chorar. Os heróis fogem para o trailer, deixando Phantom para trás. Com Manaphy em seus braços, May consegue acalma-lo. Minamo tenta pegar Manaphy, mas parece que o Pokémon prefere May, talvez achando que a garota é sua mãe. Pikachu leva Ash até o teto do trailer e mostra que os helicópteros estão os seguindo. Dois deles prendem seus ganchos no trailer, obrigando todos a irem para o caminhão que leva o trailer. Ship desconecta o caminhão do trailer, que acaba caindo em um precipício, levando junto um dos helicópteros que estava enganchado. A Equipe Rocket acorda em cima de algumas ruínas e avistam o caminhão da Tribo do Mar. Os helicópteros também aparecem e James revela que contatou Phantom e contou sobre o ovo, já que se interessava pela recompensa. Os heróis entram em uma construção escura e passam por uma porta aberta por Ship, onde havia um forte sistema de segurança que incluía o uso de uma pulseira especial. Minutos mais tarde Phantom também chega nessa porta e usa uma velha pulseira igual a que Ship usou para abrir a porta. Phantom avança e encontra uma câmera com água, onde diz que essas construções foram feitas pela Tribo do Mar. Em uma parte mais distante dessa câmera, os heróis usam seus Pokémons aquáticos e chegam em um altar com um desenho do Templo do Mar, que Hiromi diz ser chamado de Akusha. A Tribo do Mar explica que Akusha guarda um tesouro chamado de Coroa do Mar, e que algumas pessoas estavam atrás desse tesouro. Kai diz que o mecanismo contra esses invasores é o fato de que o templo é invisível para humanos, exceto quando ocorre o eclipse total da lua, ocasião que era comemorada pelos antigos integrantes da Tribo do Mar. Como o Templo do Mar é um palácio que é constantemente arrastado pelas ondas, o único que pode encontra-lo é Manaphy. Não importa que geração seja, o Manaphy pode encontrar o templo por puro instinto. Enquanto isso, fora da construção, Phantom volta para o helicóptero e a Equipe Rocket oferece seus serviços para ele. Phantom não seguiu os heróis pela câmera porque planeja encontra-los no oceano. Dividindo-se em duas canoas, os heróis continuam por um canal a poucos metros do oceano. Nesse canal, Jack agradece Ash e seus amigos, mas diz que terão que se separar, já que não quer mais envolvê-los. Eles chegam em uma cidade litorânea onde tomam sorvete enquanto esperam pelo barco de Ship, o Blue Lagoon. Quando ele finalmente chega, Ash e seus amigos se separam de Manaphy, que está dormindo, de Jack e da Tribo do Mar, ficando na cidade junto com a tripulação do "Capitão Ship". May se sente mal e Manaphy chora nos braços de Jack. Encorajado pela tripulação do Blue Lagoon, Ash corre pelo porto para ir com os demais, seguido pelos seus amigos. Manaphy acorda e suas "antenas" ficam vermelhas, atingindo Jack e Ash, que mudam de corpo do mesmo jeito que ocorreu com a Equipe Rocket. Jack e Ash voltam aos seus corpos e todos entram no barco. Jack explica que Manaphy usou uma habilidade chamada "Troca de Corações". A Tribo do Mar fala que Manaphy é conhecido como o "Príncipe dos Mares". Enquanto Jack observa o oceano inquieto, May e os demais se divertem com Manaphy, que acaba falando uma palavra. Kai pára os motores do barco e pede para May soltar Manaphy no oceano, para que ele pudesse guiar a Tribo do Mar. Observando por trás de um vidro na parte inferior frontal do barco, os heróis avistam vários Pokémons aquáticos. Manaphy acaba batendo no vidro e chorando ao tentar se aproximar de May. Ash acha incrível ser um Pokémon Ranger quando vê Jack em um pára-quedas puxado pelo barco, se comunicando com a mulher de antes. Manaphy continua guiando o barco passando por um grupo de Wailmers e Wailords. Eles param sobre um recife de corais onde Manaphy dorme nos braços de May enquanto Ash pergunta a Jack porque quis ser um Pokémon Ranger. Jack conta que quando era criança foi aquecido por vários Pokémons selvagens enquanto se abrigava em uma caverna, fugindo de uma nevasca que apareceu enquanto escalava uma montanha.
Outra noite e o eclipse total da lua se aproxima cada vez mais. Dormindo com Manaphy, May ensina outra palavra para seu amigo: "gostar". De dia, May planeja ver Manaphy sob a água e vai até a parte inferior frontal do barco, onde escuta Jack pedindo para Ash separar May e Manaphy, já que a dor da separação seria maior se permanecessem mais unidos. May chora quando Hiromi aparece para consolá-la. Alguns metros atrás do barco dos heróis, a enorme nave de Phantom planeja seguir os heróis até o Templo do Mar. A Equipe Rocket também está dentro do navio e trabalham na limpeza, planejando roubar a Coroa do Mar antes de Phantom. De noite, Manaphy aparece sobre uma rocha cantando, enquanto May e Hiromi observam que vários Pokémons aquáticos aparecem em volta do Príncipe do Mar. Hiromi presenteia May com sua pulseira, que pertence a Tribo do Mar.
O Sol aparece novamente e o barco pára em uma ilha, onde Ash libera seus Pokémons quando Manaphy começa a procurar May. Donphan, Aipom, Swellow, Corphish, Sceptile e Pikachu brincam com Manaphy. May observa tudo do barco. Ela tenta amarrar seu lenço na cabeça, mas ele acaba sendo levado pelo vento. Manaphy corre para alcançar o lenço, mas ele vai mais longe por causa de um Sharpedo e de um Feebas. Com a demora de Manaphy, Ash, Brock, May, Max e Hiromi usam um mini-submarino para procurar o Pokémon. Manaphy encontra o lenço de May em um dos chifres de um Cloyster e encontra seus amigos no submarino. O submarino acaba entrando em uma corrente e perdendo a conexão do barco. Seguindo Manaphy, Hiromi consegue levar o submarino para um lugar seguro. Minamo observa que o eclipse lunar está quase concluído. Manaphy guia Ash e os demais e Phantom observa que o submarino simplesmente desapareceu. No barco, Ship e os demais também perdem conexão com o submarino. Kai diz que o eclipse da lua está em seu auge: ela está vermelha e revela um enorme palácio, o Templo do Mar.
Mesmo embaixo da água, os heróis saem do submarino e sobem na parte mais inferior do palácio. May chama por Manaphy, que aparece e entrega seu lenço. May chora e todos vão para o interior do palácio, onde Manaphy canta e é acompanhado por outra estranha voz. As pedras do colar de Hiromi e da pulseira de May brilham, mostrando as boas-vindas da Tribo do Mar. Enquanto o caminho abre para os heróis, Phantom chega ao lado do mini-submarino, gargalhando de forma maléfica por causa da Coroa do Mar, mais próxima do que nunca. A Equipe Rocket também aparece dentro de uma cápsula salva-vidas, atrás da máquina de Phantom. Nadando com um dispositivo que possibilita respirar na água, Jack aparece capturando um Mantyke. Enquanto isso, Ash e os demais continuam seguindo Manaphy e encontram uma pedra com o símbolo da Coroa do Mar e com algumas descrições de uma língua desconhecida, que Ship poderia conhecer. Phantom aparece e lê a descrição: "Atrás da porta que a Tribo do Mar abre, se esconde a Coroa do Mar. Aquele com essa coroa poderá dominar todo o oceano".
Eles acabam caindo na água e por correntezas são levados cada um por uma passagem subaquática. Batendo em um poste, Phantom acaba deixando cair o cristal que estava segurando. Enquanto isso, Brock e Max entram no submarino e Hiromi pede para que Ash e May façam o mesmo. Mas Manaphy acaba fugindo dos braços de May, que corre atrás do Pokémon, acompanhada de Ash. Manaphy tenta salvar o Templo do Mar, mas não tem força suficiente para levar os pesados cristais de volta ao seu lugar. Ash e May se aproximam e descobrem que está faltando um cristal para salvar o Templo do Mar. Fora do palácio, Phantom briga com a Equipe Rocket pela posse do submarino e mostra sua força descomunal pela segunda vez, mas a máquina não fica com nenhum dos dois. Jack, de algum lugar do palácio, pula em cima do submarino de Phantom e chama Chatot para ir com ele. Phantom se segura na parte de fora e pega uma pequena máquina submarina. Mesmo preocupada com Ash e May, Hiromi descobre que não pode voltar ao palácio.
Fugindo da água que começa a ocupar todo o palácio, Ash encontra o cristal sobre uma fonte. Ele também encontra a cápsula salva-vidas do submarino de Phantom, onde coloca May, Manaphy e Pikachu. Ele planeja salvar o palácio sozinho, recolocando o cristal na pirâmide e devolvendo a forma à Coroa do Mar. Ele percorre o palácio alagado e chega a sala da Coroa do Mar, que está cheia de água. O cristal acaba escorregando de suas mãos e ele tenta pegá-lo várias vezes, mas não consegue prender a respiração o suficiente. Na superfície, Jack chega no submarino de Phantom junto com Chatot, e descobre que Ash e May ainda estão no palácio. Dentro da cápsula salva-vidas, May reza por Ash, e Manaphy usa sua habilidade para levar a oração até Ash, dando forças ao herói que tenta novamente e consegue colocar o cristal junto com os demais, fazendo a Coroa do Mar brilhar intensamente. Todo o Templo do Mar começa a se esvaziar, chamando a atenção de vários Pokémons aquáticos, inclusive Kyogre, como observam Hiromi, Brock, Max, Jack e Chatot dentro do mini-submarino.
Um estranho tentáculo dourado agarra a cápsula salva-vidas onde Manaphy, May e Pikachu estão. E diante do barco onde Ship, Kai e Minamo estão, o Templo do Mar aparece, permanecendo parcialmente sobre a superfície, não precisando mais de bolha alguma para se manter. May, Manaphy e Pikachu saem da cápsula salva-vidas e aparecem na borda do palácio. Enquanto os três se preocupavam com Ash, Phantom aparece na água e agarra Manaphy. Ele foge, mas um tentáculo dourado aparece de uma parte submersa do palácio para recuperar Manaphy. Dentro desse tentáculo está Ash, que não deixa espaço para Phantom. Observando tudo, Ship explica para Kai e Minamo que Ash é aquele que com a Coroa do Mar poderá dominar todo o oceano. Atrapalhado por vários Remoraids, Wailmers e Wailords, e lançado para o alto pelo grande Kyogre, Phantom acaba perdendo a posse de Manaphy para Ash. Mas o vilão não desiste e aparece sobre sua enorme nave, ativando ondas supersônicas para confundir os Pokémons, principalmente alguns Wailords que investiam contra a nave.
O caos dominava sobre os Pokémons aquáticos do lugar, mas Manaphy, saindo dos braços de Ash, começa a cantar, soltando algumas luzes vermelhas de suas "antenas". Quando todos os Pokémons voltam ao normal, Jack, junto com os demais dentro do submarino, explica que Manaphy usou seu poder para unir os corações dos Pokémons. O Príncipe dos Mares libera um ataque de Pokémons aquáticos à enorme máquina de Phantom. Com um último ataque de Kyogre, a nave é destruída e alguns de seus destroços caem em cima de Phantom, que consegue segura-los por algum momento. A grande força do pirata vem na verdade de uma roupa mecânica, mas nem ela impede que o vilão seja esmagado por sua própria nave. Finalmente o perigo acaba e todos os humanos e Pikachu aparecem dentro dos tentáculos dourados. Todo o Templo do Mar aparece rodeado de tentáculos dourados, o que Jack diz ser a Coroa do Mar para Phantom, que luta para sair dos destroços.
No barco, todos vêem uma enorme bolha cobrir o Templo do Mar mais uma vez, e o palácio ir para as profundezas do oceano. Manaphy já não está mais ao lado de May, e Jack, pelo comunicador, diz que sua missão está concluída. May se entristece por um momento, mas vê Manaphy na superfície mais uma vez. Ela corre para se despedir do Pokémon e pede para ele cuidar de seus amigos e não esquece-la. Manaphy consegue dizer o nome de May e a palavra "adeus". Logo ele desaparece no meio de um pôr-do-sol no horizonte, em direção ao Templo do Mar. Nos créditos finais, a tripulação avista o Blue Lagoon com Ash e seus amigos a bordo. Dois barcos aparecem perto da nave destruída de Phantom. Em uma delas estão Jack, Chatot e uma oficial Jenny. Phantom aparece com um de seus subordinados em outro barco, talvez presos ou se escondendo. Ash, Brock, Max e May se despedem da Tropa Marina. Jack aparece novamente montando em um Zapdos recém-capturado. A Equipe Rocket aparece dentro de um lugar escuro, e logo são expelidos do corpo de um Wailord. Kyogre aparece pela última vez e vários Pokémons agora habitam o Templo do Mar, inclusive Manaphy. De noite, Ash e seus amigos acampam em torno de uma fogueira, e de manhã, continuam sua jornada Pokémon.
