Heróis Pokémon
O filme começa com uma introdução guiada por Brock, que apresenta o mundo Pokémon e as inúmeras criaturas fantásticas que habitam esse lugar. Brock também apresenta Ash Ketchum, orgulho da cidade de Pallet, que parte para sua jornada Pokémon junto com Pikachu, Misty, e o próprio Brock. Começando a história do filme, duas mulheres desconhecidas estão conversando sobre um livro que conseguiram, que fala dos Pokémons Latios e Latias, da Jóia da Alma e algo melhor que tudo isso. Elas são interrompidas por um homem com uma lanterna, e deixam para trás uma rosa, no lugar do livro que roubaram, e uma foto preta com marcas de batom azul e vermelho. Lá fora, as mulheres fogem por uma corda e entram em um carro, onde uma das mulheres fala sobre o MDA, o Mecanismo de Defesa de Alto Maré, cuja fonte de energia é a Jóia da Alma. Elas aceleram e o carro vira uma aeronave quando voa por um penhasco. A mesma mulher também conta que a Jóia da Alma é chamada assim porque dizem que contém a alma de um Latios. Elas chegam em uma cidade onde planejam obter a Jóia da Alma e capturar Latios e Latias para Giovanni, o chefe da Equipe Rocket. Eles ficam invisíveis mas as Rockets usam seus óculos especiais. Espeon consegue atingir Latios mas é atingido por Latias. Ariados ataca Latias com seu ataque noturno mas Latios a protege. Oakley joga uma espécie de rede elétrica em Latios, que machuca o Pokémon. Espeon ataca Latias com um raio psíquico e tenta uma investida, mas Latios protege sua irmã novamente. Latias consegue fugir pela água mas Latios fica para trás. Oakley pega a Jóia da Alma do poço e encontra as inscrições. Através delas, Oakley descobre que o MDA deverá ser usado como último recurso e irá retirar toda a água de Alto Maré, além de destruir a Jóia da Alma. Latias aparece invisível na cidade, enquanto Bianca e Bongore descobrem que a Jóia da Alma não estava mais ali. No museu, onde estão as Rockets, Ariados joga Latios dentro de um círculo e faz o MDA aparecer. Bianca e Bongore chegam e são atacados por um ataque psíquico de Espeon. Oakley coloca a Jóia da Alma no MDA e consegue ativa-la. Latias aparece no Centro Pokémon transformada em Bianca e acorda os heróis. Ash apresenta seus amigos e Latias mostra sua verdadeira forma. Enquanto isso, Bongore e sua neta são presos nas teias de Ariados e Bianca pede para Latios abrir seus olhos, para que os irmãos pudessem usar a Visão Compartilhada. A cabine de controle do MDA aparece, enquanto Latias e os heróis conseguem ver o que está acontecendo com Latios. Os heróis vêem a Jóia da Alma roubada e o momento em que Oakley controla o MDA para reviver os fósseis de Aerodactyl e Kabutops, afim de capturar Latias. A Visão Compartilhada acaba e Oakley começa a bloquear toda a cidade, criando grades em toda parte. As grades chegam na varanda onde os heróis estão e prendem Misty e Brock. Em uma gondola, Ash e Pikachu é guiado por Latias na direção do museu. De repente o Aerodactyl aparece e pega Latias. Ash se pendura em Aerodactyl e Pikachu ataca com seu choque do trovão, derrubando todos. Latias fica invisível e foge, enquanto Aerocactyl usa um poderoso raio para destruir a gondola. Ash é atingido e desmaia na água, sendo resgatado por Latias, que reaparece. Pikachu também aparece e eles continuam pelo canal, onde Ash encontra algumas plataformas, aquelas usadas nas corridas. Sendo puxado por Latias, Ash se equilibra na plataforma enquanto é perseguido pelo Aerodactyl. Eles despistam o Pokémon e Misty e Brock aparecem presos, atrás de grades. Os Pokémons de Ash estão com seus amigos, e por isso, Misty libera seu Politoed e seu Corsola, e Brock libera seu Crobat, para que ajudem o Ash. Brock se irrita e começa a escalar a grade. Agora Ash é perseguido pelo Kabutops e no último momento, o treinador é salvo por Crobat, Politoed e Corsola. Oakley, controlando o MDA, observa Latias e Ash, e com sede de poder, não se preocupa com a cidade e começa a controlar a água, enquanto Latios continua a sofrer. Ash e Latias chegam na frente do museu, mas são atacados por Oakley, que controla a água e forma uma imensa coluna de água, que envolve Ash, Pikachu e Latias. Latias começa a brilhar e acaba com a água, mas fica esgotada. O ataque de Latias danifica o MDA, que fica descontrolado. Ash e Pikachu entram no museu e derrotam Espeon e Annie com um choque do trovão. Com um ataque elétrico, os heróis conseguem libertar Bianca e Bongore, enquanto Latias tenta libertar Latios. Mesmo com choque e com investidas de Ash e Pikachu, eles não conseguem libertar Latios da esfera. Apenas com um forte ataque de Latias, a esfera é vencida e Ash, Bianca e Bongore puxam Latios para fora. Sem Latios, o MDA pára e Misty e Brock chegam no museu. Annie observa que a Jóia da Alma agora é negra, e encosta nela. A Jóia emana uma forte luz e desaparece. Bongore revela que a profecia era verdade, e que agora que a Jóia da Alma estava morrendo, a água de Alto Maré iria sumir. Além disso, Annie é arremessado à cabine de controle do MDA, que está ligada novamente, e fica presa nela, junto com Oakley. Lá fora, os heróis vêem que toda a água foi embora. Bongore diz que a água voltará. Latios e Latias observam que uma enorme onda se formou no horizonte, indo em direção à cidade. Com uma velocidade incrível, Latios e Latias vão até a onda. Próximos da onda, os Pokémons começam a brilhar, e unindo forças, criam uma esfera que quebra a enorme onda. Dentro da esfera, Latios é o único que brilha e se despede de Latias. Ele vai até o céu e vira um enorme feixe de luz. A água preenche os canais da cidade aos poucos, levando Jessie, James e Meowth no caminho. Aerocactyl e Kabutops somem e preenchem seus espaços no museu, como fósseis. Ali no museu, Annie e Oakley discutem e são fechadas dentro da cabine de comando do MDA. Em uma gondola, os heróis navegam à procura de Latias e Latios, e encontram Latias emcima de um Wailmer, acompanhado por um Chinchou. Latias mostra que Latios era aquele feixe de luz que havia aparecido. Latios, assim como o pai, havia se sacrificado para salvar a cidade. Todos se entristecem, e nesse momento, ocorre mais uma Visão Compartilhada. Latias mostra aos heróis o que Latios está vendo. Eles estão no espaço, e observam a Terra. Agora tudo fica negro, e uma luz vai até as mãos de Bianca, e assim, outra Jóia da Alma aparece. Eles voltam à gondola e mais tarde colocam a Jóia da Alma no mesmo poço que a jóia anterior. Bongore aparece em sua oficina de gondolas e é chamado por Ash, que está em um barco junto de Misty e Brock. Eles se despedem de Bongore, que diz que Bianca não pode se despedir, já que foi ao mercado. O quarto de Bianca aparece e nos mostra que o chapéu está pendurado ali. Não é possível saber se é Bianca ou Latias disfarçada, mas ela pega um desenho e corre até os heróis. Eles param em um porto e Ash sai do barco. A garota vai em direção ao Ash e entrega o desenho, seguido de um beijo. Ela vai embora e deixa Brock com inveja. Ash vê que é um desenho dele e de Pikachu. Ele entra no barco e todos vão embora de Alto Maré, vendo dois Latios e uma Latias invisíveis no caminho. Nos créditos finais, Ash, Misty e Brock continuam sua jornada, enquanto Bongore está comandando a reconstrução do MDA. Bianca aparece fazendo outra de suas pinturas em um porto, relaxando com a passagem de uma brisa. Jessie, James e Meowth aparecem cansados, pedalando dentro de seu submarino Magikarp, e Annie e Oakley são presas, planejando, na prisão, roubar algumas peças raras do colecionador Lawrence III, o mesmo do segundo filme Pokémon.