No interior da floresta, Celebi continua sendo perseguido por Scyther e Houndoom, e mesmo invocando uma proteção, os ataques de seus perseguidores o machucam bastante. Enquanto permanece caído no chão, um homem em uma motocicleta chega e lança um dispositivo vermelho em Celebi, mas o Pokémon lendário consegue esquivar. Celebi continua a fugir, assustando todos os Pokémon a sua volta. O garoto de antes aparece desenhando, e corre na mesma direção que Celebi e os outros Pokémons selvagens. Ele encontra Celebi preso pelas lâminas de Scyther, e quando fala que dois contra um é injustiça, quase é queimado pelo lança-chamas de Houndoom. Celebi invoca algumas plantas que envolvem Scyther e Houndour, e voa em direção ao garoto. O caçador da motocicleta chega e diz que precisava de Celebi para vende-lo em um leilão. O garoto foge carregando Celebi, até que ambos somem quando o Pokémon lendário grita, deixando apenas o caderno do garoto para trás.

   Dentro de uma casa rústica, o caçador é intimidado por um homem com uma máscara de ferro, enquanto é observado por um Sneasel. O homem empurra o caçador para fora da casa onde há muitas jaulas com vários Pokémons. Sneasel obedece as ordens de seu dono e corta as grades da jaula de um Tyranitar. O homem, que possui um uniforme da Equipe Rocket, pega o que ele chama de Pokébola escura e a lança sobre Tyranitar, que é capturado. O Rocket lança a Pokébola novamente e libera um Tyranitar totalmente diferente do anterior, mais forte e maligno. Ele demonstra seu poder com vários ataques Hiper Raio, destruindo grande parte do lugar. O caçador se rende e diz que irá mostrar ao Rocket o lugar que encontrou Celebi, antes de desaparecer.

   Longe dali, Brock e Misty aguardam Ash e Pikachu, enquanto uma navegação se prepara para sair. Brock lança Crobat para procurar Ash. O treinador e seu Pikachu estão no centro da cidade em uma batalha Pokémon. O treinador local lança seu Croconaw que troca vários ataques contra Pikachu. Com um choque do trovão, Pikachu derrota o Croconaw e acerta também o treinador. Sendo alertado por Crobat, Ash e Pikachu correm e são avistado por Brock e Misty, que entram no barco. Ash, atrasado, corre para o porto e pula em direção ao barco que nesse ponto já estava em movimento. Quase cai na água, mas é segurado por um homem chamado Maki. O mesmo homem fala que em um lugar mais acima do rio há um bosque cheio de Pokémons raros, e Ash pensa em parar por ali. Todos avistam um Pokémon de longe, e Maki diz que Pokémons raros assim estavam sempre presentes no bosque. Saindo do barco, os treinadores conversam com o professor Carvalho que os informa sobre o Pokémon que viram. É o Suicune, Pokémon lendário que personifica os ventos do norte e que purifica águas corrompidas. Carvalho diz que já avistou um desses, mas não pode contar onde, pois os treinadores são chamados para voltar ao barco. No laboratório, Carvalho parece que escondeu algo importante dos treinadores.

   Sendo observados por Jessie, James e Meowth em uma estranha máquina voadora, os heróis navegam um rio em cima de uma rápida navegação. A máquina dos Rockets funciona a base de pedaladas, o que se torna uma desvantagem quando Jessie fala que sente uma câimbra na perna. A máquina dos Rockets é levada pelo vento e os heróis param em uma cachoeira. A embarcação em que estão ganha dois balões e é levantada. Eles chegam na Vila das Árvores, onde as casas se encontram no topo das árvores. Os heróis exploram o lugar e chegam no mesmo túnel que o jovem no começo passou. Eles são parados por uma senhora chamada Towa no topo de uma árvore que também fala sobre o Guardião da Floresta. Uma garota chamada Diana também aparece. Ela é bem parecida com a garota que entregou o pão recheado ao garoto. Já na floresta, Brock discute o que poderia ser a Voz da Floresta, mas pára quando todos vêem as árvores brilharem. Eles correm até um altar e encontram o jovem desmaiado. Celebi voa e se esconde, aparentemente bem machucado. Os heróis levam o garoto até a Vila das Árvores.

   Ali o garoto acorda e pergunta sobre o Celebi. Ele é reconhecido por Towa, que agradece por ele ter voltado. O jovem reconhece a senhora como aquela que lhe entregou o pão e recebe o seu caderno de esboços de volta. Diana e sua avó explicam que o garoto passou por uma viagem no tempo que durou quarenta anos, graças ao Guardião da Floresta. Longe dali, na floresta, uma estranha máquina assusta os Pokémons que estão por perto. Voltando à Vila da Floresta, o garoto diz que precisa ir ao Lago da Vida onde supostamente Celebi está. Os heróis decidem ajuda-lo e todos se apresentam. Os heróis e Sammy partem para o Lago da Vida, e no caminho são avistados pela Equipe Rocket. Perto dali, eles encontram vários Pokémon reunidos. Ash, Sammy e Pikachu escalam a grande árvore que havia por ali e em um buraco encontram Celebi, que empurram todos com um ataque psíquico. Ash ainda tenta falar com Celebi, mas este invoca plantas que atacam Ash e Sammy. Pikachu tenta ataca-lo mas Sammy o impede. Aos poucos Celebi cede e é pego por Sammy, que junto com os outros tenta levar o Guardião da Floresta ao Centro Pokémon. Eles são parados pela Equipe Rocket, mas eles acabam caindo do alto de uma árvore.

   Eles se aproximam do vilarejo, mas são parados pelo misterioso Rocket da máscara de ferro, que controla sua estranha máquina. Ele lança seu Tyranitar maligno e os heróis fogem. Jessie, James e Meowth tentam atacar o homem da máscara com Weezing, mas não funciona. Eles quase são atacados por Tyranitar, mas acabam indo pro lado do caçador Rocket, já que ele é membro da mesma equipe. Ele libera um Scizor e um Sneasel. Já longe dali, os heróis continuam a correr, mas Misty machuca sua perna. Scizor e Sneasel aparecem e Ash e Sammy decidem lutar. Ash libera seu Bayleef, enquanto Sammy libera seu Charmeleon dentro de uma estranha Pokébola. Scizor machuca Bayleef com seu ataca Time Duplo, mas é atacado quando Bayleef se concentra e encontra o verdadeiro Scizor. Com uma cabeçada, Charmeleon derrota Sneasel. Os Rockets chegam no lugar da batalha e encontram Scizor e Sneasel amarrados em pedras. Os heróis chegam em um lugar onde há muita neblina, e encontram um Ursaring e um Teddiursa. Todos seguem os dois Pokémons até encontrarem um Stantler. Eles agora seguem Stantler, e mais tarde um Furret, que os leva até o suposto Lago da Vida. Ali vários Pokémons selvagens observam Sammy, que entra no lago e tenta recuperar Celebi. O Pokémon lendário vai até o fundo da água e consegue se recuperar, emanando uma intensa luz verde.

   Celebi, recuperado, brinca com os treinadores e se diverte na água junto com Ash e Sammy, que conseguem até voar graças aos poderes do Guardião da Floresta. Celebi recupera a perna de Misty com apenas um toque e leva todos à uma árvore com deliciosas frutas vermelhas. Longe dali, Jessie, James e Meowth não têm a mesma sorte já que lutam por um pêssego, caindo da máquina do caçador. De noite, os heróis descansam em torno de uma fogueira. Ash acorda e observa Sammy desenhando Celebi e Pikachu dormindo juntos. Eles conversam sobre o futuro e sobre suas mães, até Ash ficar com fome. Eles comem o pão que a senhora da Vila das Árvores deu à Sammy, quarenta anos atrás. Pikachu e Celebi acordam e levam Ash e Sammy até um lugar onde vários Metapods evoluem para Butterfree. Eles sobem em uma árvore e observam o espetáculo. De manhã, eles chegam no altar onde encontraram Celebi e Sammy, próximos ao vilarejo. Ali eles são atacados pela Equipe Rocket. Pikachu tenta atacar a máquina mas não funciona. Ela derruba algumas árvores e finalmente consegue pegar Celebi com uma de suas garras. O Rocket mascarado dá um choque em Celebi, que desmaia. O Pokémon lendário é arremessado para cima e é capturado pela Pokébola negra.

   Ash e Sammy escalam a máquina enquanto um bando de Pidgeys atacam o caçador. Ash se segura no Rocket e faz a máquina ficar descontrolada, tombando e derrubando todos. Ash consegue pegar a Pokébola negra mas não consegue resistir a dor e desmaia. O caçador é cercado por Pokémons selvagens mas eles não são páreos à Celebi, que é libertado da Pokébola negra e ataca todos com um ataque psíquico. Celebi agora é um Pokémon malígno e está nas mãos da Equipe Rocket. O caçador manda Celebi mostrar toda sua força, e o Pokémon lendário começa a juntar galhos e folhas para construir um enorme ninho. No processo, Jessie acaba sendo puxada. No vilarejo, Diana e sua avó observam o estranho fênomeno e se aproximam com aquele barco voador, junto com Maki. No ponto mais alto da floresta, Suicune observa o que acontece pela região, correndo em direção ao caos. A floresta está sendo destruida pelo enorme ninho que Celebi construiu. O Rocket mascarado diz que precisava de Jessie ali como testemunha, para mostrar como ele e Celebi eram poderosos diante de Giovanni, o chefe da Equipe Rocket.

   Conforme manda o Rocket, Celebi faz com que o enorme ninho se transforme em um imenso monstro humanóide, que continua a destruir a floresta com poderosos ataques. O barco com os heróis se aproxima e tenta convencer Celebi a parar, mas apenas consegue ser atacado e cair em um lago. O Rocket mascarado manda Celebi se livrar dos heróis e lança um poderoso ataque. No último segundo, Suicune chega e Ash, Sammy e Pikachu aparecem montados nele. Suicune se aproxima do Rocket, que lança seu Tyranitar afim de captura-lo. Brock lança seu Onix para ajuda-los mas o Pokémon de pedra não é páreo contra o Tyranitar malígno. Suicune sobe no monstro e Ash e Sammy tentam convencer Celebi a parar. Eles são derrubados do monstro e Suicune derrota Tyranitar, que é arremessado para longe por Onix. Brock faz seu Pokémon retornar e Suicune é atacado pelo monstro de Celebi. Ash, Sammy e Pikachu caem mas são segurados por Jessie. Eles sobem até onde Celebi está e falam que ele não pode destruir a floresta, e sim protege-la. Celebi luta para não ser controlado pela força malígna. Ash e Sammy se aproximam de Celebi enquanto os Pokémons selvagens se aproximam do local.