Já em uma grande construção em um vasto deserto, o pai de Molly e seu colega entram na câmera escondida e tiram fotos das gravuras que ali haviam. Até que ele encontra uma peça com um Unown desenhado. O mesmo Unown aparece atrás dele, mas logo desaparece, sem ele perceber. Ele ainda encontra uma caixa e descobre outras peças iguais àquela, e nesse momento vários Unowns aparecem, levando o pai de Molly para outra dimensão. Algum tempo depois, na mansão, Molly tenta descobrir o que aconteceu com seu pai, e com as peças dos Unowns que havia dentro da caixa, ela forma as palavras "papai", "mamãe" e "eu". Molly chora e nesse momento as peças começam a brilhar, libertando todos os Unowns da câmera escondida no deserto, que acabam aparecendo na mansão de Molly. Eles fazem tudo em torno de Molly virar cristal, e quando Molly pega o livro e lembra de quando seu pai mostrou o Entei, fazem o cão lendário aparecer. Molly acredita que Entei seja seu pai, e Entei aceita isso.

   Enquanto isso, Ash, Misty e Brock continuam sua jornada e no caminho encontram uma treinadora chamada Lisa acompanhada por um Aipom. Ela desafia Ash e eles começam a batalhar. Com um jato d'água Totodile vence Granbull. Ficando confuso com um ataque do Girafarig, o Chikorita de Ash acaba perdendo. O Noctowl shiny de Ash vence facilmente o Aipom, mas Bulbasaur não tem a mesma sorte contra Butterfree. Cyndaquil vence Mankey com um belo ataque de fogo e Pikachu acaba a disputa com uma bela cabeçada em Quagsire. Todos os Pokémons descansam e os treinadores conversam. Lisa informa que o Centro Pokémon mais próximo está na cidade de Greenfield, e assim todos partem para lá. Mas chegando lá, eles se desanimam ao verem uma Greenfield praticamente toda cristalizada. Eles também observam um oficial Jenny e uma equipe de televisão.

   Longe dali, em Pallet, a mãe de Ash fica sabendo sobre o desaparecimento do pai de Molly, Spencer, pela televisão. Na verdade, Delia Ketchum e Spencer eram amigos desde crianças e tanto ele quanto Molly já haviam encontrado Ash a alguns anos atrás, sendo Spencer um dos melhores alunos do professor Carvalho. Deixando Tracey no laboratório, Delia e Carvalho vão para Greenfield onde encontram Ash e os demais. Observando o afeto entre Ash e sua mãe através de um computador, Molly deseja ter uma mãe, e Entei corre para realizar o desejo. Com uma velocidade incrível, ele corre do centro daquela cristalização até onde nossos heróis estão e hipnotiza Delia, que desmaia e é levada até a mansão de Molly. A pequena garota fica muito feliz por possuir uma mãe agora, e estranhamente acha lindo que a cristalização esteja se espalhando, atingindo inclusive o moinho que havia por ali.

   Em outro lugar, tendo sido deixado para trás para ser treinado, o Charizard de Ash observa seu treinador na televisão correndo atrás de sua mãe, raptada por Entei. Voltando a Greenfield, um trator tenta passar pelos cristais, mas como deseja Molly, o trator é lançado para longe. Tentando resolver o problema, Carvalho e os demais concluem que aquilo tudo era causado pelos Unowns, e nesse momento, eles recebem um e-mail de Molly. A garota diz que ela e seus pais estão felizes, e que eles queriam ser deixados em paz. Molly aparece se divertindo com Entei, ambos observados pela hipnotizada Delia. Lá fora, Ash decide resgatar sua mãe e corre para a mansão cristalizada, acompanhado por Misty e Brock. Lisa, a treinadora do Aipom, também aparece para entregar sua Pokégear a Ash, para que entre em contato. Os heróis seguem pelo rio, já que a água não foi cristalizada. Eles são observados pela Equipe Rocket, que são atacados por Entei e acabam entrando bruscamente dentro da mansão. Entei volta para Molly e Delia e observam pela televisão que um treinador tenta entrar na fortaleza de cristal.

   Com a ajuda dos chicotes de Bulbasaur e Chikorita, Ash consegue subir e quando mostra seu rosto, a hipnose de Delia acaba. Misty e Brock também sobem e eles continuam em frente, chegando no jardim da mansão. Ash recebe um telefonema do professor Carvalho que diz que os Unowns podem ler os pensamentos de outras formas de vida, criando realidades a partir disso. No caso, os Unowns estão realizando tudo que Molly deseja. Ash tenta entrar na mansão usando um ataque de fogo do Cyndaquil para quebrar a porta cristalizada, mas ela se regenera rapidamente. Com a ajuda de Vulpix, Totodile e Staryu eles conseguem manter a passagem aberta por mais tempo e entram na mansão. Eles continuam por uma escadaria e presenciam o momento em que o cenário do lugar muda, ficando mais sombrio, porém eles continuam e chegam em um belo campo, com uma árvore em destaque e mais uma escadaria ao fundo. Em outro ponto da mansão, James arromba uma porta e os Rockets observam inúmeros Unowns e tentam passar lentamente por eles.

   Em seu quarto, Entei pergunta se quer que ele expulse os treinadores que estavam invadindo o local, mas Molly deseja ser uma treinadora Pokémon e Entei transforma Molly em uma garota mais velha, em torno de 18 anos, e a leva onde Ash, Misty e Brock estão. Molly desafia Ash, mas é Brock que deseja batalhar, dizendo para Ash e Misty continuarem pela escadaria de onde vieram Entei e Molly. A garota faz com que uma grande arena de terra apareça e a batalha começa, enquanto Ash e Misty continuam. Brock começa com Zubat e Molly usa um Fluffy, que estava dentro de uma Pokébola cristalizada. Brock parece ir bem, mas seu Zubat fica fora de batalha quando é atingido por um choque do trovão. Molly cristaliza o seu Fluffy e ele desaparece, sendo substituído por um Teddiursa, que luta contra o Vulpix de Brock. Enquanto os Pokémons trocam ataques, a Equipe Rocket aparece ao fundo, subindo a escadaria. Com um último ataque, Vulpix cai e é substituído por Onix. Inacreditavelmente, o Pokémon de pedra é derrotada por um simples mas poderoso rolo compressor de Phanpy.

   Voltando ao quarto, a pequena Molly acorda e conversa com sua suposta mãe, Delia. Ela descobre que a criança está fazendo tudo isso pois estava muito sozinha. Ash e Misty agora aparecem em uma praia, com flores vermelhas ao fundo. A Molly adulta aparece e desafia os treinadores. Misty aceita o desafio e diz para Ash continuar por mais uma escadaria, e se apresenta como líder do ginásio de Cerulean. Molly percebe que não precisa ser adulta para ser uma treinadora, e fica mais jovem, em torno de 12 anos. Ela invoca uma grande onda que toma conta do cenário, mas Ash e Misty percebem que é possível respirar ali. Começa a batalha e o Goldeen de Misty é derrotado por uma investida de Kingdra. Durante a batalha, a Equipe Rocket aparece novamente, indo até o topo. Misty libera seu Staryu e Molly usa seu Mantine. Enquanto isso, Ash consegue chegar ao topo e encontra sua mãe.

   Ash diz que eles precisam sair dali e encontrar os Unowns. Delia acorda Molly e diz que ela não é sua mãe de verdade. Molly fica triste e enche o lugar de cristais. Entei aparece e separa Ash de sua mãe. Ash se aborrece, dizendo que irá tirar sua mãe dali. Ele libera seu Totodile que é atingido por um poderoso ataque de Entei. Ash tenta atacar Entei, mas seu Cyndaquil é derrotado mais rápido ainda. Entei diz que irá proteger Molly a qualquer custo e ataca Ash. Pikachu protege seu treinador e começa a trocar golpes com Entei. Durante a batalha a Equipe Rocket aparece. Em um último ataque, Entei arremessa Ash e Pikachu do alto da torre cristalizada, mas quando tudo parecia perdido, Charizard aparece e salva suas vidas. Eles sobem novamente na torre e Ash apresenta seu amigo, dizendo que ele e seus Pokémons são uma família. Entei diz que irá derrotar a família de Ash e empurra Charizard quando ele avança. Charizard acaba acertando Ash e quando o treinador ia cair novamente, ele é puxado por Misty, Brock, Jessie, James e Meowth. A Equipe Rocket, que já havia ajudado em outras ocasiões, diz que se acontecesse algo com os heróis, eles ficariam sem trabalho.

   Charizard se levanta e Ash propõem a Molly a possibilidade de ter Pokémons de verdade, se for com eles. Molly diz que já possui Pokémons, mostrando Fluffy, Teddiursa e Phanpy cristalizados. Entei ataca os heróis e Charizard esquiva do ataque, com Ash em suas costas. Charizard usa um ataque de fogo que não acerta Entei. Delia fala para Entei parar de fingir que é o pai de Molly, mas este não ouve. Entei e Charizard começam a trocar golpes e vão para fora da torre. Entei sobe na torre pelo lado de fora e quando pula para baixo é salvo por um cristal de Molly. Com a ajuda dos cristais, Entei sobe novamente na torre. A batalha continua e Entei até chega a ser atingido por um ataque de Charizard, mas não surge dano algum. O Pokémon lendário diz que só irá obedecer Molly. Mais troca de golpes acontece e os cristais se mostram um grande problema para Charizard, que é atingido por uma investida e cai junto com Ash no interior da mansão, onde Entei pisa em seu pescoço. Quando Entei carrega um ataque para acabar com Charizard, Molly manda-o parar.

   Ela chora e diz que não quer mais briga, sendo parabenizada pelos heróis, já que soube fazer seu Pokémon parar. Eles dizem para Molly ir com eles, e ela aceita, pegando na mão de Delia e desejando apenas a verdade. Os cristais em torno da mansão retrocedem como se fossem uma grande flor desabrochando. Os Pokémons cristalizados de Molly somem e Entei se despede, já que não poderá mais servir de pai para Molly. Nesse momento mais cristais aparecem dentro da mansão e todos só conseguem fugir porque Entei consegue abrir um caminho entre os cristais. Ash se comunica com o professor Carvalho que explica que os Unowns acumularam tanta energia psíquica que agora não conseguem controlar. Os cristais começam a se espalhar pela cidade de Greenfield enquanto Ash e os outros descem pela escadaria e chegam até a sala onde estão os Unowns, por onde passaram a Equipe Rocket momentos atrás.

   Sem pensar, Ash avança sobre os inúmeros Unowns, mas é bloqueado por uma barreira invisível. Charizard tenta atravessar com uma investida, mas só obtém sucesso quando usa seu lança-chamas, até o momento em que os Unowns lançam uma onda psíquica. Pikachu tenta usar seu choque do trovão, mas nem esse ataque junto com o lança-chamas de Charizard consegue vencer os Unowns. Mais cristais são formados e Entei aparece com um poderoso ataque. Ele diz que nasceu dos sonhos de Molly e que poderá fazer tudo que Molly desejar. Em uma poderosa investida Entei luta contra a barreira e só consegue atravessa-la com o incentivo de Molly e com os ataques de Charizard e Pikachu. Ele consegue atingir os Unowns e uma forte luz emana no centro deles. Entei se despede de Molly, vira cristal e desaparece. As peças encontradas dentro da caixa por Spencer aparecem, brilham e somem, fazendo os Unowns voltarem para a câmera escondida e todos os cristais desaparecem. Greenfield volta ao normal e os Unowns, na câmera escondida no deserto, voltam para sua dimensão e deixam para trás Spencer, que acorda confuso.

   Na mansão, os heróis aproveitam a vista e observam uma frota de carros chegando. Molly ainda observa uma nuvem na forma do Entei e se junta aos demais, que se encontram com Carvalho e os outros. A última cena é de Jessie, James e Meowth, que não podem sair da mansão por causa da multidão, mas ficam felizes pois terão outras chances de falharem novamente.