Arceus e a Jóia da Vida
Temos aquela velha e sempre introdução ao mundo pokémon. Vemos Palmer e Cynthia travando uma batalha. Alguns eventos do 10º e 11º filme são relembrados. Surge o lendário Alpha Pokémon Arceus, que voltara à Terra para recuperar a jóia da vida que ele havia entregado a um homem chamado Damos. Porém Arceus foi traído e atacado por Damos com um grande exército de pokémons. Após um enorme contra-ataque, Arceus adormeceu, e graças às ações de Damos, prometeu a si mesmo voltar um dia para trazer os seres humanos à Justiça!
Após percorrer um longo caminho, Ash e seus amigos chegam até a cidade Michina. Eles decidem parar e se divertir um pouco com seus pokémons em um rio. Algumas melancias aparecem flutuando no rio. Quando estavam prontos para devorá-las, dois jovens chamados Kato e Kiko aparecem e dizem que as melancias eram deles. Eles então fazem um acordo, deixariam Ash e seus amigos comerem as melancias se os derrotassem numa batalha em dupla. Com o trabalho de equipe de Pikachu e Piplup, Ash e Dawn derrotam Beautifly e Heracross de Kato e Kiko. Eles resolvem compartilhar as melancias com todos ali presentes. Mais tarde, Kato e Kiko recomenda a Ash e os outros irem visitar as ruínas da cidade.
Ash e seus amigos chegam diante de um lago. Algumas ondas começam a surgir de outro lugar do tempo e espaço, causando um redemoinho no lago a ascender ao céu. Piplup e Pikachu são levados pela ventania. Eis que aparecem Sheena e Kevin. Sheena e convoca Dialga para vir ajudá-los. Um portal se abre, de onde sai Dialga, salvando os pokémons. Ash e seus amigos ficam espantados ao ver que Sheena pode chamar e se comunicar com Dialga. Eis que surge outro portal de onde sai Giratina, atacando Dialga. Giratina esteve perseguindo Dialga desde o último filme, visto que a batalha dele com Palkia trouxe impactos negativos no mundo reverso. Sheena usa sua habilidade especial para se conectar ao coração de Giratina e tentar se comunicar com ele, mas é frustrada pela ira de Giratina. Ash corre na direção de Giratina e pede para ele parar. Giratina olha para Ash e se lembra de quando ele salvou sua vida no filme anterior. A ira de Giratina se vai e Sheena usa sua habilidade novamente, transcendendo os limites do tempo e espaço e acalmando Giratina. Ele entende que Dialga não é uma ameaça e volta para o seu mundo.
Sheena e Kevin se apresentam a Ash e os outros. Sheena mostra um especial interesse em Pikachu, pois uma criatura trovão e o seu mestre haviam mudado o destino da cidade Michina no passado. Ela acredita que seu encontro com Ash foi predestinado. Uma nova ondulação começa e um novo redemoinho surge, capturando Dialga. Outro portal se abre, de onde sai Palkia, que distorce o espaço, acabando com o fenômeno e libertando Dialga. Sheena se comunica com Dialga e Palkia e usa seus poderes para acabar com o conflito que existia entre os dois. Ambos os pokémons resolvem suas diferenças e retornam às suas respectivas dimensões. Jessie, James e Meowth assistiam a cena perto dali, impressionados com os poderes de Sheena. Com a ajuda desse eixo, eles puderam estar presentes quando Palkia trouxe a cidade Alamos de volta ao seu lugar (filme 10) e o buraco na geleira causado na batalha com Zero (filme 11).
Dentro das ruínas, Sheena e Kevin apresentam a Ash e seus amigos o eixo tempo-espaço, que eles usam para monitorar os lugares onde o tempo e espaço foram interrompidos. Com a ajuda do eixo, eles mostram que o mundo real está apoiado do mundo reverso de Giratina. Mostra também as dimensões de Dialga, Palkia e Arceus, a criatura que criou todos esses mundos. As fortes ondas de energia que começaram a surgir no mundo de Arceus fizeram os mundos de Dialga e Palkia colidirem na cidade Alamos. Os dois pokémons, que nunca se encontraram, pensaram que um estava tentando invadir o território do outro e começaram a batalhar. Isso afetou o mundo reverso, trazendo Giratina ao conflito também. Kevin explica que Sheena foi incapaz de alcançar o coração de Giratina por ele estar dominado com ódio. Enquanto isso, Arceus começa sua jornada para o mundo real.
Sheena conta a lenda do lugar. Arceus destruiu os meteoros que estavam prestes a atingir a terra. Nisso, perdeu todas as suas 16 placas da vida, correndo risco de vida. Damos, uma pessoa que estava ali perto, reuniu as 16 placas e as devolveu a Arceus, salvando a vida dele. Naquela época, Michina era um lugar desolado. Arceus, com muita misericórdia, cedeu as suas placas da água, planta, terra, eletricidade e dragão para formar a jóia da vida. Com o poder dessa jóia, Michina se tornou um paraíso fértil. No dia de um eclipse solar, Damos deveria devolver a jóia da vida para Arceus. No entanto, em vez disso ele atacou o deus pokémon. Arceus se sentiu traído e destruiu o santuário. Para se curar de seus ferimento, ele entrou num sono profundo. Sheena diz que Damos é um de seus antepassados e mostra que a jóia da vida está em sua posse. Ela conta que Arceus irá despertar e virá se vingar da humanidade. Seu plano é devolver a jóia da vida para Arceus acalmar sua fúria.
Um portal se abre e Arceus aparece. Ainda cheio de ódio pela sua traição, começa a fazer a sua justiça. Ele lança uma grande esfera de energia que explode em meteoros, começando a destruir o lugar. Sheena aparece diante de Arceus, diz ser descendente de Damos, pede desculpas pela atitude de seus antepassados e retorna a jóia da vida a Arceus. Ele então pisa na jóia, quebrando-a em pedaços. Arceus diz que a jóia é uma parte dele e nunca seria quebrada. A jóia que Sheena possuia era uma imitação. Com isso, Arceus se convenceu de que os humanos não eram confiáveis e destruiu as ruínas, fazendo Jessie, James e Meowth (que estavam interessados em capturar Arceus e a jóia) cair no rio abaixo.
Dialga e Palkia surgem para tentar deter Arceus. Os golpes dos dois não afetavam Arceus pois ele usava suas placas da vida para se tornar um tipo resistente ao golpe. Pikachu usa um golpe elétrico e consegue acertar Arceus, visto que todos os tipos resistentes a elétrico estavam nas placas que ele gastou para fazer a jóia da vida. Giratina aparece para ajudar a deter Arceus. Palkia então usa os seus poderes para distorcer o espaço em torno de Arceus, a fim de segurá-lo. Dialga usa seus poderes para levar Sheena, Ash, Dawn e Brock de volta no tempo, para o dia em que Damos retornaria a jóia da vida para Arceus. Kevin permaneceu assistindo a luta de Arceus.
No passado, Sheena, Ash, Dawn e Brock presenciam a cena onde Damos trai Arceus. Eles percebem Damos aparentava estar hipnotizado e que um outro homem, portador de um Heatran e um Bronzong, também estava envolvido. Arceus começa a destruir o santuário. Sheena rapidamente reza para Dialga levá-los mais além no passado. O grupo chega a um lugar onde são cercados por soldados. Eles encontram o homem do Bronzong, que se chama Markus. Ele hipnotiza todos, exceto Sheena, que conta vir do futuro e começa a alertá-lo. Ele manda seus soldados levarem Ash, Dawn e Brock para o calabouço, e Pikachu e Piplup num calabouço apenas de pokémons, enquanto ouvia o que Sheena tinha a dizer.
Na cela onde Ash e seus amigos estavam, eles encontram-se com Damos. Eles começam a insultá-lo, pois sabiam o que ia acontecer. Damos explica que sua intenção era devolver a jóia da vida para Arceus, o problema é que Markus não queria devolvê-la, com medo que Michina voltasse a ser uma terra desolada. Por essa razão, Damos foi colocado na prisão por Markus, para que assim ele não devolvesse a jóia. Ash explica que eles vieram do futuro. Brock se lembra de ter visto Damos hipnotizado enquanto traia Arceus e concluiu que Markus havia o hipnotizado com o seu Bronzong para que ele não devolvesse a jóia.
Enquanto isso, Sheena está conversando com Markus, contando-lhe toda a história e suplicando para que ele impeça que Damos traia Arceus. Na cela dos pokémons, uma Pichu de orelha espetada surge e mostra a saída para Pikachu e Piplup. No caminho, eles encontram Chikorita, Cyndaquil e Totodile que trabalhavam como escravos para os soldados. Piplup prende sua cabeça numa coroa que assusta o soldado, permitindo que Pikachu e Pichu libertassem os pokémons. No presente, Jessie, James e Meowth encontram-se nas ruínas do subterrâneo, por acaso encontram alguns artefatos antigos que eram justamente os que apareceram no passado na cena anterior, como a coroa que prendeu a cabeça de Piplup. Palkia e Giratina continuam tentando parar Arceus, já Dialga permanece exausto por ter enviado Ash e os outros de volta no tempo. De volta ao passado, a Pichu consegue pegar a chave da cela e libertar Damos, Ash, Dawn e Brock. A Pichu era muito amiga de Damos.
No templo, o eclipse começa e Arceus aparece. Sheena havia recebido o bastão com a jóia da vida de Markus. Arceus pergunta por que Damos não estava lá. Sheena diz que ele ia traí-lo. Ela abre o compartimento do bastão e percebe que a jóia não está lá. Nesse momento, Markus manda o seu exército de pokémons atacar Arceus. Como Sheena disse a ele o que iria acontecer, Markus mandou derramar a água de prata sobre Arceus, alterando os seus planos conforme as palavras de Sheena. Essa água começou a endurecer quando atingiu Arceus. Desta forma, Arceus estaria preso e seria incapaz de destruir o santuário.
Neste momento, Damos e os outros aparecem. Damos, Brock e a Pichu de orelha espetada ajudam a resgatar Sheena enquanto Ash e Dawn enfrentam Bronzong e Heatran. Damos e Sheena tentam salvar Arceus que estava enfraquecido pelo golpe de Markus e prestes a morrer. Juntos, Damos e Sheena combinam seus poderes de tocar os corações dos pokémons e tentam dizer para os que estavam ali presentes para que parassem de atacar Arceus. Chikorita, Cyndaquil e Totodile aparecem para ajudar Pikachu e Piplup, que conseguem destruir as armaduras de Bronzong e Heatran. Os dois pokémons, agora que foram libertados, se voltam contra Markus. Ash consegue tomar a verdadeira jóia da vida, que estava com Markus. Ash parte para ver se ainda consegue devolver a jóia para Arceus a tempo.
Damos tenta se comunicar com Arceus, porém o pokémon está tomado por ódio. Damos arrisca sua vida para tentar alcançar o coração do pokémon. Ash chega onde Arceus está, sem poder se aproximar muito, devido a água de prata. Arceus estava praticamente morto. Os corpos de Ash, Pikachu, e todos os demais que vieram do futuro começaram a desaparecer, pois com a morte de Arceus, o futuro mudaria. Damos, consegue tocar Arceus, acalmando-o e dando força suficiente para reabsorver a jóia. Nesse momento, a jóia divide-se nas 5 placas e retorna ao corpo de Arceus. Nossos amigos que estava desaparecendo tornam a aparecer. Arceus se livra da água de prata e está são e salvo. A água continuava a jorrar e estava prestes a destruir o local. Arceus conseguiu salvar a vida de todos ali presentes. Tudo voltou ao normal, Sheena, Ash, Dawn e Brock são enviados de volta ao presente.
Dialga, Palkia e Giratina foram completamente derrotados e Arceus está prestes a dar seu golpe da justiça que destruiria todo o lugar. Ash então grita por Arceus e todas as lembranças do passado alterado por Ash surgem na mente de Arceus. O golpe então desaparece, junto com toda a destruição, corrigindo os acontecimentos no presente. Dialga, Palkia e Giratina já não estão feridos e partem de volta às suas respectivas dimensões. Brock nota como o lugar está florido e pergunta-se porque não voltou a ser um lugar desolado, visto que devolveram a jóia da vida a Arceus. Ele explica que Damos e seu povo dedicaram suas vidas para cultivar e fazer com que Michina tivesse terras férteis no futuro. O grupo encontram uma nova gravura de Sheena, Ash e seus amigos, feita por Damos, como forma de agradecimento. Sheena finalmente percebe o verdadeiro caráter de seu antepassado. Arceus então se despede do grupo, mas não sem antes reconhecer que faz parte desse mundo.
Nos créditos do filme, é revelado que Markus tornou-se empregado de Damos, ajudando-o a cultivar as teras de Michina. Na cidade Alamos, Tonio e Alice voam num balão, sendo seguidos pelo barão Alberto. Darkrai avista a cidade. Newton visita Zero na cadeia e lhe mostra uma cópia intacta de Infi, o sistema de computador. Shaymin também aparece, assistindo o nascer do sol. Dialga, Palkia, Giratina e Arceus viajam por suas respectivas dimensões, finalmente em paz. Ash, Dawn e Brock continuam sua jornada através de Sinnoh.