Giratina e o Cavaleiro do Céu

O filme começa com uma introdução ao mundo dos pokémons. Podemos ver uma rápida batalha entre Lucas e Brendan nela. Ash e seus amigos estão com seus pokémons sempre prontos para uma nova aventura. Um pequeno Shaymin está bebendo água numa espécie de lago quando Dialga aparece. Ele tenta beber água também, mas é atacado pelo Giratina do mundo reverso. Ele surge de um portal que foi aberto naquele lago. Dialga é arrastado para o mundo reverso por Giratina. O confronto das duas feras gera um redemoinho que acaba arrastando Shaymin também. Dialga e Giratina começam a se enfrentar enquanto Shaymin luta para sobreviver, sem ser percebido pelos dois gigantes. Um rapaz e seu Shieldon observa a batalha no mundo reverso. Zero, o vilão desse filme, também observa através de suas câmeras. Shaymin absorve uma fumaça escura e então explode a energia, abrindo um novo portal por onde consegue escapar de volta ao mundo real. Giratina tenta impedir que Dialga escape também, mas é atingido por um golpe dele, ficando paralisado. Dialga escapa e o portal se fecha antes que Giratina consiga passar. Shaymin cai em um rio e é arrastado pela correnteza.

Ash, Brock e Misty estão com seus pokémons prestes a almoçar. Shaymin aparece, todo empoeirado, e começa a comer a comida de Brock. Piplup dá um golpe em Shaymin, que acaba derrubando a churrasqueira e espalhando uma fumaça negra. Shaymin absorve a fumaça e explode como antes. Os pokémons, nervosos, estavam prestes a atacá-lo, quando são interferidos por Dawn, que pega Shaymin e limpa a poeira se seu corpo. Ele revela então ser capaz de comunicar-se telepaticamente. O grupo leva o pokémon ao Centro Pokémon para a enfermeira Joy tratá-lo. Joy explica que Shaymin pode absorver ar poluído, purificando-o e expelindo-o em seguida, num processo chamado semente ofuscante. Shaymin explica que precisa ir para um lugar chamado "jardim das flores" e pede a ajuda de Ash e os outros para levá-lo até lá. Jessie, James e Meowth espiam tudo e planejam roubar Shaymin.

Ash e os outros entram em um jardim cheio de objetos malucos parecidos com espelhos. A Equipe Rocket aparece e toma o Shaymin das mãos de Dawn. Quando tentam fugir, são sugados pelas ondulações formadas por um dos espelhos, que se tornou um portal para o mundo reverso. Dawn consegue tomar Shaymin da Equipe Rocket a tempo, mas acaba sendo levada pelo portal também, junto com Ash. Brock foi o único a não ser levado. No mundo reverso, Ash e Dawn encontram Gitarina. Pikachu e Piplup tentam defender Shaymin de Giratina quando um rapaz e seu Shieldon aparecem. Ele revela se chamar Newton, ele é um cientista que havia assistido a batalha de Dialga e Giratina. Newton leva Ash e Dawn para um portal que os levará de volta ao mundo real. Ele explica que uma fumaça negra e venenosa começou a preencher o mundo reverso após uma batalha travada por Dialga e Palkia (eventos que ocorreram no filme anterior). Isso irritou Giratina, o que explica o confronto ocorrido com Dialga no início do filme. Ash, Dawn e Shaymin conseguem voltar ao mundo real onde se reencontram com Brock, enquanto Jessie, James e Meowth ficam para trás com Newton no mundo reverso.

No jardim, Ash e Dawn contam a Brock sobre Giratina e o mundo reverso, quando são interrompidos por um grupo de Magnemites e Magnetons, e o líder deles, Magnezone. São os pokémons de Zero, que também aparece diante de nossos heróis. Ash e os outros tentam fugir pela cidade, tentando despistar os pokémons magnéticos com seus pokémons. Eles conseguem se esconder dentro de um trem que estava partindo da cidade, mantendo Shaymin a salvo. No trem eles conversam com os passageiros, que possuiam um buquê de flores Gracidea. Ao ficar exposto ao pólen dessas flores, Shaymin se transforma na sua forma do céu. Eles descobrem então onde fica o jardim das flores, onde os Shaymins se reúnem. O trem é atacado pelos Magnemites, Magnetons e o Magnezone de Zero. Shaymin os enfrenta, com a ajuda de Pikachu e Piplup, conseguindo expulsá-los de lá. Ash, Dawn, Brock e Shaymin se despedem dos passageiros do trem para pegar um barco que irá rumo ao jardim das flores.

Já na embarcação, o grupo brinca com Shaymin, até Zero aparecer de novo. Um portal para o mundo reverso é aberto, sugando Shaymin e os outros, que são seguidos por Zero e seus pokémons. Giratina aparece e Pikachu e Shaymin o enfrentam. Eis que o mundo reverso escurece, fazendo Shaymin reverter de volta a sua forma da terra. O grupo começa a fugir, quando encontram Newton, que os leva para uma caverna, onde estão seus pupilos Jessie, James e Meowth. Os Magnemites de Zero aparecem e capturam Shaymin e os nossos heróis. Newton diz que Zero já foi seu assistente no passado. Zero explica o seu plano de dominar o mundo reverso. Ele faz Shaymin absorver toda a fumaça negra do mundo reverso para que assim ele abra um portal para Giratina escapar. Shaymin usa o semente ofuscante para explodir ar puro, abrindo um portal para o mundo real. Shaymin, Newton, Ash, Dawn e Brock são puxado de volta ao mundo real. Giratina consegue escapar para o mundo real também, transformando-se em sua forma alterada. Zero e seus pokémons o seguem enquanto Jessie, James e Meowth ficam para trás.

Zero captura Giratina com sua engenhoca voadora. É uma máquina que havia sido desenvolvida por ele e por Newton que absorveria os poderes de Giratina de viajar entre o mundo real e o mundo reverso. Ao ver que Giratina seria sacrificado nesse processo, Newton deletou seus trabalhos. Zero, obsecado pelo poder, refez sozinho o projeto. Brock percebe então que eles haviam chegado ao jardim das flores e Shaymin se transforma novamente em sua forma do céu e sai voando em direção à máquina de Zero. Newton decide ir também para tentar parar a máquina, visto que ele sabia como funcionava. Ash e Dawn resolvem seguir Newton enquanto Brock é deixado para trás. Newton entra na aeronave para tentar parar o computador enquanto os demais enfrentam Zero. Newton consegue invadir o sistema e libertar Giratina, que cai inconsciente, derrubando a aeronave.

Giratina fica desmaiado no chão. Shaymin usa a sua aromaterapia para compartilhar suas energias com Giratina. Ele consegue se levantar, para o alívio de todos. Eis que Zero reaparecem com sua aeronave e ataca. Zero consegue abrir um portal para o mundo reverso e começa a destruir a paisagem de lá, o que causa impactos no mundo real. Giratina abre um portal também e parte para lá, seguido de Ash e Shaymin. Zero esmaga um pilar de gelo no mundo reverso, fazendo uma montanha de geleira se deslizar em direção à floresta no mundo real. Um Regigigas que estava adormecido num templo por ali é despertado. Enquanto isso, Ash, Shaymin e Giratina enfrentam Newton no mundo reverso. Enquanto Dawn e os pokémons da floresta tentam achar um meio de defendê-la da grande geleira, Regigigas aparece, seguido por uma manada de Mamoswine. Regigigas usa os seus poderes colossais para empurrar a geleira de volta ao seu lugar, com a ajuda dos Mamoswines.

No mundo reverso, Shaymin resolve absorver uma nuvem negra. Ele explode com o seu semente ofuscante, abrindo um novo portal para o mundo real. Giratina manda a aeronave de Zero para o mundo real com um de seus ataques. Jessie, James e Meowth, que assistiam a batalha, são puxados para o mundo real através do portal. Shaymin consegue escapar também, deslizando numa geleira, fazendo-o reverter novamente para sua forma da terra. Dawn e os outros congelam a aeronave de Zero para que ele não possa escapar. Ash e Giratina sobrevoam o mundo reverso. Com os seus poderes, Giratina reconstrói o mundo reverso, fazendo a geleira parar de avançar no mundo real. Giratina leva Ash de volta ao mundo real e sai voando, provavelmente para encontrar Dialga.

Vários outros Shaymin chegam ao jardim das flores enquanto as Gracideas começam a florescer. Todos eles se transformam na forma do céu e saem voando. Shaymin então se despede de Ash, Dawn, Brock e Newton, transforma-se na sua forma do céu e sai voando com os seus amigos. Nos créditos do filme podemos ver Regigigas voltando para o seu templo, Delia, Johanna e Lola recebendo uma encomenda de flores Gracidea de seus filhos, e Zero, que estava preso em sua nave, sendo socorrido por Newtons e preso pela oficial Jenny. Ash e seus amigos continuam a sua jornada.