Agora o filme mostra um lugar distante, talvez algum tempo depois, onde Brock e Misty estão próximos a um penhasco, aparentemente em um piquenique, a espera de Ash. Pikachu está ali e observa Togepi indo para o penhasco. Querendo salva-lo, Pikachu corre atrás de Togepi e acaba caindo no penhasco, descobrindo que ele não era nada profundo. Depois surge um homem querendo desafiar Ash, que escolhe Bulbasaur, Squirtle e Pikachu e ganha a batalha. Após a vitória, Ash ganha uma carta de um Dragonite que convida o treinador para algo grande. A mensagem é dita por uma mulher parecida com uma enfermeira Joy através de um holograma. O remetente é desconhecido, e Ash fica sabendo que vai ter uma liga Pokémon, no Castelo Pokémon. Ash decide aceitar o convite e caminha para o local onde foi descrito que seria a liga.

   Os heróis param em um Centro Pokémon para aguardar o barco que os levariam a ilha do Castelo Pokémon, mas uma tempestade agita o mar, deixando impossível a navegação. Eles vêem que muitos outros treinadores foram convidados pelo desconhecido, e que a enfermeira do Centro Pokémon está desaparecida. Eles querem atravessar o mar, mas não conseguem, até um barco aparecer. Os marinheiros "vikings" oferecem um passeio, e aliviado, Ash aceita. Durante a viagem Pikachu se assusta com a tempestade. De repente uma onda vem e derruba os capacetes dos marinheiros, revelando suas identidades: são Jessie e James (Meowth está disfarçado na proa da embarcação). Nessa hora uma outra onda mais forte vem e derruba todos na água. Misty chama Starmie enquanto Ash libera Squirtle. Ash e seus amigos sobem em seus Pokémons e depois de um bom tempo de grandes ondas, conseguem chegar na ilha, onde Mew faz uma pequena aparição, sem que os heróis percebam. Ali a anfitriã, a mesma do convite, os recebe e leva todos a um grande hall, onde descobrem que somente três treinadores tiveram a mesma sorte: Sweet, Sorao e Umio. Nesse instante um Pokémon desconhecido aparece: Mewtwo. Todos se surpreendem e Mewtwo fala que é o organizador da liga e que todos estavam ali para um propósito, o começo da libertação Pokémon.  

   Nessa libertação Pokémon, os humanos seriam escravos dos Pokémons, e não o contrário, como Mewtwo acreditava que acontecia. Invocados, os treinadores mandam alguns de seus Pokémons, mas Mewtwo derrota todos facilmente. Enquanto isso, no lado de fora, a Equipe Rocket tenta entrar no grande castelo pelo esgoto, seguidos sorrateiramente por Mew. Subindo uma escada, eles encontram muitos tubos, alguns com Pokémons dentro. Meowth é agarrado por uma máquina e vê que o computador começa a trabalhar depois de conseguir o seu DNA. Assim uma cópia do Meowth aparece em um dos tubos. 

   Em uma grande arena, Mewtwo chama três clones: Venusaur, Charizard e Blastoise. Mewtwo sabe que Sorao possui Venusaur, Sweet um Blastoise e Ash um Charizard. Ele quer provar que as cópias são melhores que os originais, desejando vingança àqueles que lhe deram um nascimento artificial e tentaram escraviza-lo. Os clones provam ser muito fortes e derrotam os Pokémons originais facilmente, decepcionando os treinadores. Assim os treinadores descobrem que a vingança de Mewtwo apenas estava começando. O clone de Mew libera inúmeras Pokébolas negras para capturar os Pokémons dos treinadores. Até os Pokémons que eram protegidos nas Pokébolas eram capturados. Mesmo com o esforço dos treinadores, seus Pokémons são capturados e apenas Pikachu consegue escapar. Ele começa a subir uma escada em espiral enquanto ataca as Pokébolas negras com Choque do Trovão, até ficar esgotado e ser capturado por uma delas. Os Pokémons capturados são levados para o laboratório e um por um começam a ser analisados pelo computador. Quando é a vez de Pikachu, Ash puxa a Pokébola com toda sua força e quebra a máquina, liberando todos os Pokémons, que acabam sendo clonados.

   As cópias do laboratório são chamadas por Mewtwo, e Ash e Pikachu seguem para lá com os Pokémon originais. Mostrando que Mewtwo pretende fazer algo errado, Ash resolve desafia-lo, atacando o poderoso Pokémon. Mewtwo bloqueia os fracos golpes de Ash facilmente, e em um contra-ataque, lança o treinador para o alto, sendo salvo por uma estranha bolha rosa. Todos logo descobrem que a estranha bolha foi invocada por Mew, que trata a situação como se fosse uma grande brincadeira. Mewtwo ataca Mew e ambos começam a lutar, acompanhados pela luta dos Pokémons clones contra os Pokémons originais. Um Pokémon contra sua respectiva cópia. Os clones parecem vencer facilmente. Nesse momento os heróis descobrem que na verdade a anfitriã é na verdade a enfermeira Joy, hipnotizada. Pikachu não luta, mesmo que esteja sendo violentamente atacado por sua cópia. E Meowth, em vez de batalhar, conversa com seu clone. Ash observa tudo isso na parte superior da arena, e fica em fúria quando percebe que todos os Pokémons em campos estão esgotados de tanto lutar.

   Ash começa a correr até o centro do campo onde Mewtwo e Mew lutam violentamente, e acaba sendo atingido pelos poderosos ataques psíquicos, virando pedra. Pikachu tenta reanimar Ash com choques como sempre faz, mas não consegue. E assim todos os Pokémons começam a chorar pela morte de Ash, que é atingido feito mágica por todas as lágrimas. Pikachu, seu fiel Pokémon, também derrama uma lágrima sobre Ash, fazendo com que os poderes ocultos dos Pokémons revivam Ash.

   Devido a esse "milagre", Mewtwo chama seus clones por telepatia, e aprende que a vida é valiosa, dizendo que vai procurar um lugar para poder viver juntamente com suas super cópias e que era melhor para todos que todo aquele episódio fosse esquecido. Quando Ash recupera a consciência, vê os outros treinadores, todos dentro do Centro Pokémon, na hora da tempestade que os impedira anteriormente de chegar até a ilha Pokémon. Ninguém recorda o que aconteceu ou de como chegaram até o Centro Pokémon, e a enfermeira Joy, que antes era dada como desaparecida, aparece dizendo que a tempestade está passando. A tempestade desaparece, o mar volta ao normal, e a profecia que havia dito que uma tempestade era o começo da destruição do mundo não se realizou, graças aos nossos amigos.